6.协调阴阳：此为治疗之大法，故《素问·至真要大论》说：“谨察阴阳所在而调之，以平为期”，《素问·阴阳应象大论》说：“阳病治阴，阴病治阳”。
7.正治反治：正治亦称逆治，是与病情相逆的直折的治疗方法。比如“热者寒之，寒者热之，虚者补之，实者泻之”之类；反治也称从治，如“寒因寒用，热因热用，通因通用，塞因塞用”之类。故《素问·至真要大论》说：“微者逆之，甚者从之。逆者正治，从者反治，从少从多，观其事也。”
8.适事为度：无论扶正还是祛邪都应适度，对于虚实兼杂之症，尤当审慎。切记“无盛盛，无虚虚”，即使用补，也不能过。因为“久而增气，物化之常也，气增而久，夭之由也”（《素问·至真要大论》）。《素问·五常政大论》还说：“大毒治病，十去其六；常毒治病，十去其七；小毒治病，十去其八；无毒治病，十去其九。谷肉果菜，食养尽之，无使过之，伤其正也。”
9.病为本，工为标：《素问·汤液醪醴论》指出：“病为本，工为标。”这是说病是客观存在的，是本；医生认识治疗疾病，是标。医生必须以病人为根据，这样才能标本相得，治愈疾病。
10.辨证施治：《黄帝内经》虽未提出“辨证施治”一词，却有辨证施治之实。上述几点均含此意，而书中已有脏腑辨证、经络辨证、八纲辨证、六经辨证的内涵。
11.制方遣药：《黄帝内经》虽载方药无多，但其方药之理已具。《素问·至真要大论》说：“辛甘发散为阳，酸苦涌泄为阴，咸味涌泄为阴，淡味渗泄为阳。六者或收或散，或缓或急，或燥或润，或软或坚，以所利而行之，调其气，使其平也。”又有“主病之谓君，佐君之谓臣，应臣之谓使”，“君一臣二，制之小也；君一臣三佐五，制之中也；君一臣三佐九，制之大也”，“君一臣二，奇之制也；君二臣四，偶之制也；君二臣三，奇之制也；君二臣六，偶之制也。故曰：近者奇之，远者偶之，汗者不以奇，下者不以偶，补上治上制以缓，补下治下制以急，急则气味厚，缓则气味薄，适其至所，此之谓也”。如此等等，实难尽述。
12.针刺灸祔：《黄帝内经》言经络、腧穴、针刺、灸祔者甚多，不遑列举。单就补泻手法则有呼吸补泻（见《素问·离合真邪论》）、方员补泻（见《素问·八正神明论》及《灵枢·官能》）、深浅补泻（见《灵枢·终始》）、徐疾补泻（见《素问·针解篇》）和轻重补泻（见《灵枢·九针十二原》）等，这些手法一直被后世所沿用。
