崇祯元年五月，后金攻略锦杏，杀掠锦杏等地军民。
《满文老档》：
“天聪二年（即崇祯元年）五月，十一日，遣贝勒阿巴泰、岳托、硕托及八固山额真，率兵三千，往略明地，并攻破锦州城。
二十三日，往略锦州、松山一带贝勒岳托，派遣巴尔泰、岱松阿来报所得消息，言於十六日疾驰进击，获人口及马、牛、驴共八百，破锦州、杏山、高桥三城，并毁十三山以东台站二十一处，杀守台者三十人等语。汗遂遣人往迎出征诸贝勒。赐三贝勒马各一，赐蒙古诸贝勒及恩格德尔额驸、达尔汉豁绍齐马各一，并食物等。闻出征诸贝勒将至，汗出迎五里外，见统兵诸贝勒、八大臣及士卒，先拜天毕，汗还行幄落座，出征诸贝勒大臣等，各至汗前，依次抱见。以俘获诸物，按级分给将士。於是，随谒堂子，还宫。”
“五月辛未，明人弃锦州。贝勒阿巴泰等率兵三千略其地，隳锦州、杏山、高桥三城，毁十三站以东墩台二十一。”《清实录太宗本纪》
后金进犯大明，崇祯皇帝封赏毛文龙父子，而毛文龙父子不仅不去牵制，反而与王国兴密谋，事后，崇祯帝将王国兴下狱论死。
《崇祯长编卷之九》：“崇祯元年五月，
平辽縂兵毛文龙请诣阙直剖心迹言臣势处孤危动遭掣肘功未见其尺寸怨己深于寻丈而皇上知之否中外臣工于兵家奇正之法彛地山川之形或未深知故人持一论终非煞着惟臣居辽日久探讨独到无柰地隔天寥笔难代舌而皇上知之否属国残破之余缓急无望一应接济合于夏秋两季及时顿给以便转运其间裒益调剂厥有权宜而皇上知之否其他语多杰骜旨云毛文龙本以义勇简任东江数年苦心朕所洞鉴人言何足置辩报闻，
平辽搃兵毛文龙疏辞俘觧加恩并其子承禄都督佥事职衘允之。
大清兵围大堡】。
崇祯元年五月，“内官王国兴称密旨召毛文龙，踪迹诡秘”，“上谓初撤镇使，未尝轻遣内臣，命逮国兴下狱论死”，当中必有隐情。（《国榷》卷89）
崇祯元年五月，毛文龙与王国兴密诏，崇祯知道后，将王国兴下狱论死。
《崇祯长编卷十》崇祯元年五月：“内官王国兴假旨召岛帅毛文龙登莱巡抚孙国桢以闻下狱论死。
崇祯元年五月，“内官王国兴称密旨召毛文龙，踪迹诡秘”，“上谓初撤镇使，未尝轻遣内臣，命逮国兴下狱论死”，当中必有隐情。（《国榷》卷89）
六月，袁崇焕疏辞督师重任，崇祯不允。
“辛卯原任辽东巡抚袁崇焕疏辞宁锦加衘及世廕锦衣衞指挥佥事不允
新陞督師袁崇煥疏辭重任不允 ”
——《崇祯长编》崇祯元年六月六月
七月，钱龙锡受计给袁崇焕出京。而毛文龙将阔科送往北京，阔科一到北京，就说毛文龙与皇太极私通。明朝用袁崇焕，以文龙与后金私通，杀之。
《雪庐焚馀》：逆帅之当斩，与先生之主斩， 上業心许之矣。”
《国榷》卷八十九：时朝议忧皮岛毛文龙难驭，大学士钱龙锡过崇焕，语及之，遂定计而去。
“督师袁崇焕，初授大学士钱龙锡意旨，绐杀总兵官毛文龙。”（《崇祯遗录》）
崇祯元年七月，袁崇焕进京面圣，“时朝议忧毛文龙难驳，大学士钱龙锡过崇焕语及之；遂定计出。”——（《崇祯实录》卷1）
同七月，阔科等人被送到北京，事后，就出卖了毛文龙私通皇太极。
《崇祯长编.卷十一》：“东江縂兵毛文龙送大清议欵使臣可可孤山马秀才等四人至京。”
《满文老档》第十一册 天聪二年：
“三月二十五日来书云：王副将告汗曰：我王子登尽忠将事，谁知对二处均无利益。我诚天地间无用之人也。伏思汗以执阔科送北京之故，今我虽有善言，亦不能见信。毛都督又责我曰：尔言汗宽仁厚德，尊贤敬智，为人和善等。乃信谗言，始行此事，不能增进亲善，反令所遣诸申，扰害地方，复以大言欺我。此皆王副将之不善所致等语。我两头为难，不知所措也。汗止知马通事之见杀及送阔科往北京，不知其实事，皆由彼二人之过所致矣。马通事来时，於途遇六、七人逃来，不思已为前来议和，便射死一人，斩杀一人，馀众败走，登山得免。及马通事至岛之次日，败走之逃人来岛，在毛文龙之衙门遇见马通事，彼等言尔非途中杀我之诸申乎？遂擒之，往告毛文龙。毛文龙反打逃人，责问诸申地方之事，何告於我等语。遂不询问，逐出之。其人至黄户部门前喊冤。遂擒马通事以去。因马通事嫉妒阔科，任意妄言。毛文龙知其言不善，故杀之，并将阔科送往帝京。汗乃天生豪杰，何不计此小事，不可事急而隐匿之。为箝制众人之口，不使明帝生疑，遂将阔科送往帝京，以便再行和好之事。谁知阔科与黄户部到北京後，告知毛文龙与汗礼上往来不断等语。科道各员闻之，俱奏书称，毛文龙欲亲敌国，设计谋叛，事已属实，至今尚未议毕等语。
……汗不遣人言谢，以慰其心，反留所遣使臣，复取逃亡诸申，其谋泻矣。……汗未思之乎？山海关为北京之前门，登莱二府为北京后门也。岂能为此小故，而弃天下大事乎？ ”
《皇清开国方略巻十二》太宗文皇帝【天聪三年己巳】：
“太宗因遣官科廓率从者四人赍书答之往来数次文龙乃执科廓等送往燕京【寻宁逺巡抚袁崇焕以文龙与我国私通杀之】其部众有踞朝鲜之铁山者”。
《小尔雅》：“寻，用也。”
后金说法，阔科到北京后，就公开了毛文龙私通后金，明朝用袁崇焕杀了毛文龙。
崇祯元年八月，皇太极征蒙古，袁崇焕派兵与后金军，战于黄泥洼，而毛文龙以飘风为由，称兵登州。说好的毛文龙牵制呢？
《满文老档》：天聪二年八月，初七日，汗御殿，赐奈曼部贝勒洪巴图鲁号为达尔汉，扎鲁特部台吉喀巴海号为卫徵。赐号之缘故，即洪巴图鲁、喀巴海台吉以察哈尔汗不道，欲依傍天聪汗，俱来归附。後出征察哈尔阿喇克绰特部，杀其台吉噶儿图，俘获人口七百，以所获献汗。
《国榷》：“崇祯元年八月，庚戍，贱虏犯黄泥洼。袁崇焕令总兵官祖大寿击却之，斩百八十级，获骡马二十。”
“更有異者文龍近以漂風為名突至登州夏家疃上岸續到多舡見在登萊沿海窺探不知意欲何為。”——《崇祯长编》崇祯元年八月
“八月丁未，清兵攻黄泥洼，袁崇焕令总兵官祖大寿御之。”—— 《崇祯实录》
“兵科給事中許譽卿劾毛文龍擅離汛地潛入登萊責令據寔回奏從之”。——《崇祯长编》崇祯元年八月
“前锋总兵祖大寿战于黄泥洼，以捷闻”。——《崇祯长编》
王子登到皮岛。
《满文老档》：“王子登即於九月二十一日起行，二十九日抵皮岛。抵达之後，毛都督以绸缎、银牌、衣帽赏之，并即奏於明帝，对以总兵官之职，朝夕共同议事。我王子登告曰：“汗发银十万两，账济贫民。凡田之被水者，每亩给粮一石。不妄杀一人，仁义过天，恩及枯骨。”毛都督曰：“可胃人德者也。”
后来，这个王子登，与毛文龙从子毛承禄，公开抗明。
《崇祯长编》崇祯五年十二月：“山东抚按朱大典（奏），初毛承禄守水城，孔有德守大南城，耿仲明守大城西，李九成守大城东，九成死，以王子登代之，城中衢路不许山东人及南人往还。”
崇祯元年九月，瞿式耜就弹奏毛文龙，一言即中，
崇祯元年九月十二日，户科给事中瞿式耜在所上《端用人之源疏》中说：“……而毛帅之设，为牵制虏酋也。试观文龙在海外数年，糜费朝廷数百万金钱，曾有一缕之功在封疆乎？曾有一旅之师蹑虏之尾乎？曾有一奇之出间虏之心腹乎？而日报捷音之鬼语,屡献自降之俘卒，杀戮无辜，诳欺君父。”
户科给事中瞿式耜弹劾孙国桢袒护毛文龙：“至以同乡故暱比毛文龙，一如俞咨辜受其馈献，殆无虚月，任文龙冒饷欺君，即如擅离皮岛，闹入登镇，此军机重事，何不入告，仅以一二塘报涂饰中外耳目，岂香火情重，封疆念轻，知参貂之饵而不顾猫鼠之眠耶？登莱何地，可令贪黩之夫滥节旄也”。孙国桢遂被罢，后名列逆案。（《忠宣公集》卷2掖垣疏草《先剔遗奸疏》）
阔科被毛文龙送北京，崇祯元年十一月，后金用反间，又使宁远闻知毛文龙真的与后金私通，而袁崇焕当时得知，以为毛文龙已反形，直接请旨，公开剿灭毛文龙。
因为阔科到北京后，就出卖毛文龙，后金又在宁远宣传毛文龙私后金。而袁崇焕以为毛反形已具，请旨剿毛文龙，崇祯没有回旨。崇祯不支持公开剿灭毛文龙，崇祯的政治100分。
“使宁远闻知，又疑毛文龙交通我国，叫他自相猜疑，彼果中我反间之计，不待动兵，而我坐取胜矣”。（《明清档案存真选辑第三辑》，天聪二年十一月厢边红旗备御祝世胤俯陈末议奏本）
申悦道《朝天闻见事件启》崇祯元年十一月十六日也载：“闻袁军门题本以为毛帅反形已具，请及时剿灭”云。
如果袁崇焕中后金的计，就在崇祯元年十一月，就公开剿灭毛文龙了。
崇祯元年十一月，崇祯不支持公开剿灭毛文龙，但杀了与毛文龙同为阉党的王国兴。
“假旨內使王國興伏法”。——《崇祯长编》元年十一月
杀毛文龙，根本不是后金反间，而是明朝有计划，有阴谋的杀毛文龙。
所以，张国维就说毛文龙死文墨吏忌的于阴谋。
《张忠敏公遗集》：“毛帅撑东北之半壁，内外震声，文墨吏忌，而阴谋死于非命，至今廷议诵冤。”
明清朝三方史料，都基本一致，都是明朝用袁崇焕杀的毛文龙。
朝鲜认为袁崇焕有意旨、令箭，实际上，崇祯无任何意旨、令箭给袁崇焕杀毛文龙，是机密之言斩杀。斩杀毛文龙后，当时都公开机密斩杀，宋梧鸣题本都到崇祯手上了，崇祯都知道的，事后，也不以此事杀宋梧鸣。
“以堂堂中国，诛杀一将，有何难事，至于行计招往，密谋诛之耶！”——（《仁祖大王实录》卷二十一，叶二）
《朝鲜王朝实录 仁祖大王实录》仁祖七年六月三十日：癸未/金時讓馳啓曰: "六月初五日,毛都督文龍, 往會袁經略崇煥于寧遠衛, 還到雙島, 經略設餞宴待之, 忽出聖旨及令箭于袖中, 示之, 命左右推出都督斬之。
兵科给事中宋鸣梧题本...总兵毛文龙，越居皮岛，志怀跋扈，两窥登州，疏语悖诞；按之则恐激叛，听之则实养口，今阁枢机密口笼，牵之而西，督师袁崇焕奉皇上威灵，立斩此弁，隐忧涫矣.(明清甲编叶七二三)
毛文龙知道诸臣要杀他，所以，他上奏给崇祯：
崇祯元年十二月，毛文龙言“诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室。”（《明清史料》甲编，兵科抄出钦差平辽便宜行事挂征虏前锋将军印总兵官左军都督府左都督毛文龙奏本）
《闽中理学渊源考》卷76，引《宗伯林平養先生欲楫》载“怀宗立，升礼部尚书掌詹事，朝议诛毛文龙，力言不可，与阁忤，假归三载。召修实录”。就是因为他反对诛毛文龙，直接被假归三年。
崇祯元年十一月，崇祯不同意袁崇焕公开请旨剿灭毛文龙，十二月，毛文龙就上奏说诸臣要杀他。
崇祯二年，毛文龙再次称兵登莱。
近且有牧马登州、取南京如反掌等语。据登莱道申报，岂堪听闻！”《蓟辽督师袁崇焕题本》
崇祯二年四月，朝议毛文龙日久作乱，朝鲜也收到消息了。袁崇焕奉机密斩杀毛文龙，崇祯很开心，不嫌矫诏，崇祯还回旨，说袁崇焕【已奉明纶】。
”然当日毛文龙反迹，副都御史朱童蒙已力言之。假令不杀文龙，以伺消息相通，奸生日久，天下事尚忍言哉？“——《白冤疏》钱家修
崇祯二年，《朝鲜王朝实录 仁祖大王实录》仁祖七年四月二十七日：壬子/毛文龍領兵船四十艘, 向登州。 是時，中國疑文龍居外,，久必作亂， 議塞登州之路，文龍稱以當與袁軍門面議軍務,，遂行。
《公槐集》卷3《讲帷记注》，崇祯二年四月十七，姚希孟时为讲官，讲读毕，崇祯召“辅臣曁兵部尚书王洽议东江事，它人莫得闻”。
兵科给事中宋鸣梧题本...总兵毛文龙，越居皮岛，志怀跋扈，两窥登州，疏语悖诞；按之则恐激叛，听之则实养口，今阁枢机密口笼，牵之而西，督师袁崇焕奉皇上威灵，立斩此弁，隐忧涫矣.(明清甲编叶七二三)
《北使纪略》：“初六日，命备酒席，督师亲诣文龙棺前拜祭云：昨日我奉皇上命斩你，是朝廷法；今日祭你，是本部院情。遂下泪，各官将俱下泪感叹。”
《崇祯长编》：“明日具祭礼,诣文龙柩前拜祭云：昨日斩尔，乃朝廷大法，今日祭尔，乃我辈私情。遂下泪。各将官俱下泪感叹”。
后来，才有何可纲说的一段话：中军何可刚曰：“是谓三不幸。”崇焕问之。曰：“生文龙，不幸；用文龙，朝廷不幸；杀文龙，公不幸。“——《崇祯遗录》
茅元仪更视斩帅一事为崇祯圣政，所作《述圣》诗十首其三云“一杆黎花作镇东，不名久己踵桓公。宋家不解君王意，不待新塘始奏功”，下注云：“江东帅毛文龙擅兵海外，先朝诏旨久矣不名，畏上威灵，为督师所戮，不敢动”。
《小腆纪年》：“孔有德、耿仲明、尚可喜三人皆以饶勇善斗事毛文龙；文龙养为孙，有德名毛永诗、仲明名毛有杰、可喜名毛永喜。庄烈帝既杀毛文龙，三人皆自皮岛归我大清。”
尚可喜是当事人，他说的，比任何人，都接近。
“毛帅受朝廷委寄，赐便宜甚重，一旦书生奉政府意，出片言立死军前。”——清·尚可喜，《平南王元功垂范》卷3。
毛文龙老乡王思任写信给茅元仪，并不怪罪袁崇焕，而特指背后之人，说谁教袁崇焕干的，信中称：“顷见袁督师赚杀毛帅，此朱亥伎俩也，谁为画此策者？——（王思任《简茅止生》）
己巳之变，奴骑退去，原抱奇弹韩爌与袁崇焕通谋误国，崇祯保下韩爌，让韩爌请告归籍。
