这是Qplottools的第28个工具,其实很早qplot.cn时就写过,为了统一工具的数据输入格式,现在重新整理一遍。这个工具使用的是 circlize包,和ComplexHeatmap是同一个作者。
整体界面
和弦图既可以反映2类变量之间的相互关系,也可以反映相互作用强度,常用于绘制国家之间的贸易往来量,城市之间的航班往来量,还有细胞和基因数据可视化。
和弦图的弦link的宽度代表所连接的两个对象的相互作用强弱,link越宽,则相互作用越强。
下面我们使用,和弦图展示每个样本丰度信息
准备数据:表格文件,列为样本,行为变量。
OTU丰度表
也可以提供样本分组,画图时,相同的分组使用同种颜色
可视化结果,左边为OTU,右边为样本,弧度大小表示他们之间对应的数值。
参数调整:
角度旋转,字体大小;分组配色。
这个工具还有很多参数可以设置的,目前只调用了几个比较常用的参数。
参考:https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/the-chorddiagram-function.html