The cancer genome atlas(TCGA)数据库储存20多种癌症的基因组数据，作为生信喵少不了要下载上面的数据来分析。写篇文章介绍一下，也加深自己的印象。
TCGA收录的了很全面的癌症基因组数据，包括突变，拷贝数变异，mRNA表达，miRNA表达，甲基化数据等
##TCGA上储存的数据分为三个级别，
level-1为原始的测序数据（fasta,fastq等）
level-2为比对好的bam格式文件
（这两级别为controlled-access，需要向TCGA申请使用权限）
level-3为经过处理及标准化的数据
(三级也分为controlled-access和open-access)
level-1/2 数据的下载需要向TCGA申请使用权限，并且由于文件较大，推荐使用官方提供的小小软件：gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool
最常用的是level-3数据，一般文件较小，直接在网页上下载就可以。
目前主要有两个网站可以下载TCGA level-3的数据:
1. >TCGA官网的data-portal: portal.gdc.cancer.gov
优点：数据最全，更新最快
缺点：每个样本的数据都单独储存在一个文件中，如果要下载RNA表达量数据的话，可能同一种癌症需要下载好几百个文件，并且需要排队下载，有时候很慢很慢很慢
2.>Firehose服务器：gdac.broadinstitute.org
（这里的数据也来源于portal.gdc.cancer.gov，经过了简单的处理）
优点：经过了简单的合并，将每种癌症相同类型的数据合并到了一个文件中（例如443个胃癌样本的RNA表达量数据都合并到了一个文件中，非常适合用R进行后续的分析）
level-3的数据是仍需要一定的分析能力来提取感兴趣的信息
如果你仅仅需要看感兴趣的基因在某种癌症中的突变谱，表达量，或者甲基化情况，那么以下三个在线可视化网站可以说是非常亲民了：
1.>c-Bioportal: www.cbioportal.org
整合和简化了包括TCGA，ICGC以及GEO等多个癌症基因组的内容，提供友好可视化的界面，可供下载。
主要展示基因的somatic 突变谱，拷贝数变化，mRNA&miRNA表达量变化，DNA甲基化以及蛋白质表达的情况，并结合患者的临床资料，展示了KM生存曲线。
2.>OncoLnc: www.oncolnc.org
这是一个整合了TCGA的各种RNA数据和患者临床数据，提供生存分析的网站，灰常简单好用。
3.>MEXPRESS:mexpress.be/about
整合了TCGA中的DNA甲基化，表达量及临床数据，主要用来探索甲基化，基因表达和临床表型之间的关联，看界面也很友好，但我没怎么用过%>_<%。
