民商合一导致商法主体适用一般民事主体的规范，而无法制定特殊的商事主体规范。换言之，商事主体的独立性是民商合一纷争带来的问题之一。
对于民商合一的国家来说，认为商主体缺乏独立性的法理依据在于:他们认为，人人平等，不能因为职业的不同而制定不同的商事法典与商事主体制度。然而，作者认为商主体之所以要独立，因为其所为的营业行为具有特殊性。自然要用特殊规范将其与一般民事主体区分开来。
另外，将所有主体抽象化规定于传统民法中(抽象人格)，只是看起来“主体平等”，看起来实现了所谓的“平等”目的。然而，这掩盖了各类主体之间的差异性，最终导致传统民法的不平等性。(可以引申到形式平等与实质平等，要追求实质平等，所以要特殊情况特殊处理，以商事主体独立性，体现私法的平等性。)也就是说，现代民法应当将目光从抽象人格转移到具体人格中去。
另外有人提出，否认商事主体独立性可有以下三点理由:
1.人的普遍商化。指的是经济发展带来的商人与自然人、法人难以区分的现象。作者认为只是一种形象的说法而非严格的法律用语。另外，并非实施了营利性行为的人就是商人，要想成为商人，还要有特殊条件，比如财产基础。
2.商法民事化和民法商事化
所谓“商法民事化”:商人特殊地位的消失，商法也慢慢变成了调整平等主体之间的商业交易的法律，商法规范慢慢具有民法规范的特征。
所谓“民法商事化”:随着商业交易的范围拓展，对某些交叉领域究竟适用商法还是民法已经难以分辨。
