KEGG Disease 数据库

kegg disease 数据库收录了已经报告的各种疾病的信息,每个记录用H Number 唯一标识, 比如H00004

在kegg 中,将疾病视作分子网络的一个不正常的状态。所有的遗传因素,环境因子,药物等因素都被视作潜在的影响因素,所以在disease 数据库中,还收录了每种疾病相关的影响因素,以及它们之间的相互关系。对于这些影响因素的之间的相互关系,采用pathway 通路来进行展示。比如 H00004 对应的pathway 为 hsa05220

image

在通路中,我们可以看到有些红色标记的方框,这些其实就是和该疾病相关的基因。对于那些在disease 数据库中已有记录的疾病而言,我们可以查找到该疾病相关的致病基因。

和kegg orthology 等数据库类似,disease 数据库当然也有对应的分类信息。但是分类标准比较多,既有kegg 自己的标准,也有国际标准 ICD-10;

因为人类疾病的研究和我们日常生活最为密切相关,所以单独对human disease 进行了详细的分类,见以下文件

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?br08402.keg

所有物种(包括human)的疾病信息的分类对应以下两个文件:

第一个文件为kegg 自己定义的分类标准, 主要依据物种分类信息

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?br08401_genome.keg

第二个文件为国际上对疾病的分类标准 ICD-10 分类系统

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?br08403.keg

所以对于disease 数据库中的记录而言,最多会有3种分类体系的注释。

对于human 相关疾病而言,专门在pathway 数据库中开辟了一个新的分类, Human Disease, 用于展示人类疾病相关各种因素之间的相互作用信息;
kegg 还专门针对疾病的致病基因,药物的靶标基因在通路图上进行了标记,这些特异性的通路图采用 hsadd 编号,比如 hsadd04620

http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?hsadd04620

image

在这些通路图中,当一个基因和该疾病相关(可能的致病基因)时,用粉色标记;当一个基因为药物的靶点时,用淡蓝色标记,如果同时为致病基因和药物靶点,则一半为淡蓝色,一半为粉色。

注意绿色和疾病没有关系,绿色是物种的通路图中,将该物种的KO 进行了绿色的高亮显示。

总结

  1. disease 数据库收录了各种物种相关的疾病信息,最主要的是人类相关的疾病。对于疾病的分类,既有kegg 自己根据物种信息提供的分类标准,也有国际通用的ICD-10 标准;对于human disease, 更是单独提供了更加详细的分类;

  2. 对于人类相关疾病,专门提供了pathway 通路图,描绘疾病相关因素之间的相互作用关系;同时还针对疾病致病基因和药物靶标基因,在通路图上进行了标注,这些通路图的编号以hsadd开头。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 194,242评论 5 459
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 81,769评论 2 371
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 141,484评论 0 319
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 52,133评论 1 263
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 61,007评论 4 355
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 46,080评论 1 272
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 36,496评论 3 381
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 35,190评论 0 253
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 39,464评论 1 290
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 34,549评论 2 309
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 36,330评论 1 326
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 32,205评论 3 312
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 37,567评论 3 298
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 28,889评论 0 17
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 30,160评论 1 250
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 41,475评论 2 341
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 40,650评论 2 335

推荐阅读更多精彩内容