随着测序成本的下降，转录组测序已经逐步成为分子生物学实验的标配，每年有大量的数据产出，这也导致了转录组测序分析的文章越来越难以发表。
今天小编就给大家带来一篇今年10月份见刊的转录组文章，该文章发表在BMC Plant Biology上，影响因子3.93，中科院分区二区；接下来让我们一起来看看别人的转录组是如何发到二区期刊上的！
闲话不多说，直接解读。
1、实验设计很重要，对照处理要有显著的差别。作者将萝卜芽在蒸馏水或者富氢水（HRW）制备的培养基上培养。黑暗条件下培养1天后，分别转移到白光（W）培养箱中和UV-A照明培养箱中培养。在12、24、36小时测定总花青素含量，并在光照处理后测定内源氢气的含量。
2、作者在光处理24小时后取样，液氮冷冻，-80度保存，并提取RNA，用于转录组测序分析。一共4个样品：W+HRW、W、UV-A、UV-A + HRW，两两对比形成差异组合。共鉴定出14564个差异基因。并通过聚类热图、维恩图等来进一步分析了各个差异组合中差异基因的上下调情况。
3、作者通过GO和KEGG注释以及富集，深入的挖掘分析了各个差异组合的差异情况。
4、作者通过分析花青素合成代谢途径，挑选出了12种相关的结构基因以及94种转录因子，并对这些结构基因和转录因子在W和UV-A处理下的基因表达情况进行了分析，构建了表达热图。
5、根据KEGG和GO注释结果，作者也分析了信号转导、MAPK以及钙信号通路的差异基因。
6、作者挑选了16个花青素合成相关的差异基因进行了qRT-PCR验证，结果与转录组测序结果基本一致，说明RNA-seq数据是可靠的。
7、最后，作者结合前人的研究结果和自己的实验数据进行了讨论，并提出在UV-A辐射下HRW能够促进萝卜芽中花青素的积累，并绘制了调控网络图。
就这样，一篇3分多的二区转录组文章就完成了。通篇看来，文章思路清晰，分析简单，没有过多的补充实验，不失为一篇低投入高性价比的转录组测序类文章。这也表明转录组测序类文章并没有想象中的难写难发，只要设计合理，结果可靠，能够自圆其说，发一篇三四分的文章还是很简单的；更多具体信息请下载原文观看吧！
同样做转录组实验，为什么有人可以发二区文章，而有些人却发不出去呢？究其原因无非是以下两个原因：
转录组数据结果似懂非懂，无法做到从海量结果数据里一层一层筛选出关键的研究结果。
转录组标准分析后续分析及实验无思路，无法完成整个科研闭环！
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