在刑事司法赔偿原理中，限制人身自由的刑事司法赔偿适用后置原理，由最后认定当事人有罪的司法机关作为赔偿义务机关，在本案中，最终认定当事人有罪的是判处方某有期徒刑3年的区法院，所以，应当由区法院作为赔偿义务机关，之前的公安机关、检察机关均不再承担赔偿责任。因此，A、B选项错误，C选项正确，同时C选项复合了另外一个考点，在司法赔偿程序中需要经过赔偿义务机关自身先行处理的环节。所以，方某应当先向区法院提出赔偿请求，C选项不仅赔偿主体确定正确，赔偿程序也是正确的。而如区检察院在审查起诉阶段决定撤销案件，那么最终认定当事人有罪的是作出逮捕决定的检察机关，区检察院为赔偿义务机关，D项正确。综上，本题答案为AB。
