homer的安装
第一种方式:
用conda进行安装
conda install -c bioconda homer -y (## -y 表示直接安装,不询问确认与否)
第二种方式:
1.通过homer主页下载configureHomer.pl文件(网址: http://homer.ucsd.edu/homer/download.html)
2.安装homer
perl /home/homer/configureHomer.pl -install
3.添加到环境变量
vi ~/.bashrc
PATH=$PATH:/Users/chucknorris/homer/bin/
source ~/.bashrc
4.下载homer的软件包,包括基因组文件[这个真的取决网速]
perl configureHomer.pl -install mm10
perl configureHomer.pl -install hg19
附:
后续如果要更新homer包:
perl /path-to-homer/configureHomer.pl -update
或者,可以简单地强制重新安装基本软件...
perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install home