前言
本文为生信技能树RNA-seq基础入门系列作业。首先是计算机资源准备和软件安装。
计算机配置
系统为ubuntu on windows 10, sudo lsb_release -a Ubuntu 16.04.3 LTS.
CPU信息：grep "model name" /proc/cpuinfo, 4核心8线程。
内存大小：grep "MemTotal" /proc/meminfo, 16G.
软件安装
- Bioconda miniconda下载python3.6版，bash安装
bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh - SRA Toolkit 直接在官网下载相应二进制版本，添加环境变量
- FastQC
conda install -c bioconda fastqc=0.11.5 - Samtools
conda install -c bioconda samtools=1.5 - HISAT2
conda install -c bioconda hisat2=2.1.0 - HTSeq 下载的0.8.0，不能用python3运行，用python2.7编译安装
cd HTSeq-0.8.0
py27 setup.py build
sudo py27 setup.py install
- R和Rstudio直接用的windows版本。
