TIED-鉴定CRISPR编辑效率

TIED

可以用来分析CRISPR敲除基因后的情况

  1. 对照细胞和处理细胞PCR目的条带

    • 设计上下游引物：至少pCR产物要大于700bp

    • 根据PCR片段大小设置不同的程序:

      • 比最低的那个引物退火减3度左右; 如果退火低于51℃，一般就只减1度; 如果退火57℃往上，就减3-5度，一般减3度

    • 跑胶挑选合适引物

  2. 送测序，将PCR后的产物以及PCR时用的上游/下游或者上下游引物一起送sanger测序分析

  3. 用TIDE网站分析结果：https://tide.nki.nl/#about

    • 需要提交sgRNA的序列

    • 需要提供对照测序ab1文件+实验组ab1文件

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