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阿是穴的存在有两个讲法：
相传在古时有中医为病人治病，但一直不得其法。有一次无意中按到病者某处，病者的痛症得到舒缓。医者于是在该处周围摸索，病者呼喊“啊……是这里，是这里了。”医者加以针灸，果然使病程转好。于是把这一个特别的穴位命名为“阿是穴”。根据唐代孙思邈《千金要方》里提及：“有阿是之法，言人有病痛，即令捏其上，若里当其处，不问孔穴， 即得便成痛处，即云阿是。灸刺借验，故云阿是穴也。”也就是说，用针之时未必一定要扎在穴位上。若有效的话，扎在合适的地方，如果能够达到效果的话就可以。这些特殊的痛点就称之为“阿是穴”。
中医认为，阿是穴通过经络系统与脏腑组织相联系，而经络系统在生理上具有沟通上下内外，将气血营养输布至全身的作用；病理上又是将病邪由表入里的传注途径。所以，阿是穴即是治病的最佳刺激点，同时也是疾病反映点，在临床上，被广泛应用于诊断和治疗。
