王琳兵败后逃往北齐，被任命为北齐扬州刺史行台。他多次想向南进犯陈朝，尚书卢潜认为时机未到，不可轻举妄动。王琳从此与卢潜产生了嫌隙，相互之间总是争执不已。高湛将王琳征召回到邺城去，任命卢潜为扬州刺史，领行台尚书。
陈文帝派人送书信到寿阳，想与北齐和亲。卢潜把信呈奏给了朝廷，仍然启奏武成帝高湛允许息兵，高湛同意了，派散骑常侍崔瞻来陈朝聘问，并把南康王陈昙朗的遗体送还给陈朝。
陈文帝的弟弟陈顼从北周回到建康，陈文帝下诏封他为中书监、中卫将军、安成王，并对送他回来的杜皋说：“我弟弟现在承蒙你们以礼相待送回来了，这实在是周朝的恩惠。然而我们要是不奉送鲁山城，你们恐怕也不会这样做的。”
杜皋反驳说：“安成王留在长安，不过是一个布衣百姓，却是陈朝皇帝的弟弟，他的价值岂止一座城池而已！我们周朝一向和亲族和睦相处，推己及人讲求忠恕之道，上遵太祖遗旨，下思永远和好的信义，因此才把安成王送回南方。现在您却说是用寻常的土地换回了骨肉至亲，这可不是我所能同意的。”
陈文帝听了很惭愧，只好自我解嘲地说：“刚才说的是玩笑话。”接待杜皋的礼节超过了常规。
陈顼的妃子柳氏及儿子陈叔宝还滞留在穰城，陈文帝又派毛喜随杜皋到北周去请求放还，北周把他们都送回来了。
周迪一向与王琳有来往，王琳逃亡北齐后，周迪又与陈宝应、留异等人互相勾结。陈文帝任命安右将军吴明彻为江州刺史，令他指挥高州刺史黄法氍、豫章太守周敷一起去讨伐周迪。
留异开始认为朝廷军队一定会从钱塘江溯江而上，后来侯安都却从陆路经由诸暨发兵永康，留异大吃一惊，奔逃到桃枝岭，在山谷的入口处竖起栅栏进行防御。
侯安都亲自指挥，在进攻时被飞箭射中，鲜血一直流到脚踝处，但他仍端坐在车子上指挥士兵，神色举止一点也不变。侯安都又依着山势，贴着山根修起了石堰。正好赶上下大雨，雨水涨满了堰坝，侯安都把船只开入堰内，造成楼房式的高层船舰，和留异修的城垣一般高。
坐在船上的士兵使用攻坚器械，击碎了留异城上的墙堞，留异挡不住猛烈的攻势，和他的儿子留忠臣脱身而逃，到晋安区投靠了陈宝应。侯安都俘虏了留异的妻子和其余的儿子，把他的铠甲兵器尽数收缴，得胜回朝。
留异的同党向文政还占据着新安，陈文帝任命程文季为新安太守，率领精兵三百名轻装前行，去袭击向文政，向文政战败投降。
吴明彻到临川去攻打周迪，因无法取胜，陈文帝下诏让安成王陈顼去代替他。
周迪的部下溃败，他只身越过东兴岭，逃奔到晋安，投靠了陈宝应。官军攻下临州，俘虏了周迪的妻儿，陈宝应派兵援助周迪，留异也派儿子留忠臣跟随周迪辅佐他。
虞寄写信规劝陈宝应，条陈十事，向他直言进谏，陈宝应看后大怒，幸亏左右的人向陈宝应说：“虞公是因为病情加重了，所以说话多有错误荒谬，请勿介意。”陈宝应的怒意才稍微平息，又因为虞寄素有民望，也只好宽容了他。
司空侯安都凯旋而归，他恃功骄横，屡次纠集文人武士骑射赋诗，住处的宾客，往往多到上千人。部下的将帅，大都不遵守法纪，遇到被检举搜捕归案，常常投奔侯安都。陈文帝性格严厉认真，对他含恨在心，而侯安都却毫无觉察。
他每逢向皇帝上表奏事，信已经写好，想到有些事还没有写完，又拆开封口补写：“又启奏某某事。”在侍奉皇帝宴会时，酒喝得痛快时，有时就不顾礼仪伸腿而坐歪斜着身子。
他常陪陈文帝到乐游园举行宴饮，饮酒时很不知趣地对文帝说：“现在比做临川王时如何？”陈文帝不理他，侯安都却再三提这件事。
陈文帝这才淡淡地说：“这虽然是天命，却也是靠您的力量。”侯安都听罢，更是得意。宴饮结束，侯安都想陈文帝借帷帐和彩船，要载上他的妻妾去皇帝的宫室摆宴饮酒，陈文帝虽然勉强允准了他的要求，心里却很不高兴。
第二天，侯安都坐在皇帝的座位上，宾客们坐在大臣的位子上，举杯为他祝寿。恰巧重云殿发生火灾，侯安都率领将士携带兵器来到重云殿，陈文帝非常恨他，暗地里开始防备他。
到了周迪造反时，朝中议论说应该派侯安都去讨伐，但陈文帝另派了吴明彻。文帝还屡次派御史台的官员审讯侯安都的部下，清查他们逃亡叛乱的事情。侯安都派别驾周弘实结交中书舍人蔡景历，去探听中书省的机密，蔡景历却把他的行动一一记录下来，报告了文帝，迎合文帝的旨意说侯安都这是要造反。
文帝考虑到侯安都不会轻易被制伏，就任命他去当江州刺史。
五月，侯安都从京口回建康，部下的军队开进石头城。六月，文帝召侯安都到嘉德殿宴饮，又召集侯安都部下的将帅到尚书省的大厅见面。趁侯安都入宴时，逮捕了侯安都，把他囚禁在嘉德西省，又逮捕了侯安都的将帅，没收了他们的马匹兵器后予以释放。
接着，又拿出蔡景历所上的奏报，向朝中官员出示，随即下诏公布了侯安都的罪恶，第二天，赐他自尽，宽恕了他的妻儿，拨款给他们操办丧事。
多年前，陈武帝陈霸先在京口曾经和将军们宴会，杜僧明、周文育、侯安都都为他祝寿，各自夸耀战功。陈武帝说：“诸位都是良将，但各有不足之处。杜公志向远大而见识不明，对下亲密对上骄傲；周侯交友不加选择，而且过于推心置腹，不知防人暗算；侯郎傲慢放诞而贪得无厌，性格轻佻而放纵不羁，这都不是保全身家的行为。”后来这三个人的下场果然都像他所说的那样。
陈朝因为周迪又翻过东兴岭侵犯，诏命章昭达率领军队前去讨伐。冬季，章昭达大破周迪，周迪脱身潜伏逃窜到山谷里，老百姓感激他在侯景之乱期间保境安民之德，把他隐藏起来，纵使受到诛杀，却没人肯说出他的藏身所在。
章昭达进军，经过东兴岭，向建安急进，讨伐陈宝应，陈文帝诏命益州刺史余孝顷督率会稽、东阳、临海、永嘉等地军队从东路来会合。
周迪再次进攻东兴岭，宣城太守钱肃镇守东兴，献出城池向周迪投降。吴州刺史陈祥攻击周迪，陈祥的军队打败，周迪的部众又振作起来。
南豫州刺史周敷率领所属部队去攻打周迪，抵达定川，和周迪两军对垒。周迪欺骗周敷说：“我以前和弟弟同心协力，怎会谋划加害于你。现在我同意认罪归顺朝廷，乘弟弟前来时表露我心里的想法，先请你挺身而来和我一起共立盟誓。”
周敷答允了，动身去与周迪结盟，但他刚走上举行盟誓的土台，就被周迪杀死。
陈宝应占据晋安和建安两郡，在水路和陆路修起栅栏，用来抗拒章昭达。章昭达和他打仗，很不顺利，因此占据江水上游，命令军士砍树木造木筏，筏上配备了“拍竿”。
恰巧大雨以后江水猛涨，章昭达放木筏顺流而下，冲撞陈宝应在水中设立的栅栏，全部破坏，又出兵进攻陈宝应的步军。正当双方会战时，陈文帝派余孝顷从海路赶到，和章昭达合力围攻。
陈宝应大败，逃到蒲口，对儿子说：“如果早听虞寄的话，也不至于落到像今天这样。”
章昭达追到将他拿下，还一并抓获留异和他的族弟，一起解送建康，将他们斩首。留异的第三子留贞臣因为是娶公主为妻，免于一死。
陈宝应的宾客都被处死，陈文帝听说虞寄曾经规劝过陈宝应，于是命章昭达请虞寄到建康来，任用他为衡阳王的书记。
陈文帝派都督程灵洗从鄱阳经其他道路攻击周迪，将他打败。周迪和部下的十几人逃窜到山洞中，时间一长，跟随他的人也感到有些困苦。后来周迪派人偷偷离开临川买鱼做菜，被临川太守骆牙捉住，命令他们回去捉住周迪来报效，并派了亲信的勇士和他们一起进山。这些人回去后引诱周迪到外面打猎，勇士们埋伏在路边，突然奔出将周迪杀死，首级传送到建康。
陈顼因为是陈文帝的弟弟而显赫，权势日盛。直兵参军鲍僧睿依仗陈顼的势力横行不法，御史中丞徐陵上奏章弹劾他，跟随御史台官的引导经过批阅奏章的几案进入朝堂。
陈文帝见他身穿礼服十分严肃，不由得脸色也严肃起了，端坐地坐好。徐陵手持奏版读了奏章。当时陈顼正站在殿上侍候文帝，抬头看着文帝，惊慌得脸上流汗变色。
徐陵叫殿中御史领陈顼下殿，文帝因此免去陈顼担任的侍中、中书监的官职，朝廷中为之震惊，都对徐陵肃然起敬。
陈文帝身体不适，台阁等官署的事情，令尚书仆射到仲举、五兵尚书孔奂（孔子第31世孙）共同决定。文帝病情很快加重，孔奂、到仲举和安成王陈顼、吏部尚书袁枢、中书舍人刘师知等人进宫侍候医药。太子陈伯宗懦弱，文帝担心他不能守住皇位，对弟弟陈顼说：“我要像周太伯那样把天下让给你。”
陈顼流泪拜伏在地，坚决推辞。文帝又对到仲举、孔奂说：“现在三方鼎力对峙，天下的事情繁重，需要有个年纪较大的君主。近的，朕准备效法晋成帝，远的，遵照殷朝的法则，把皇位传给弟弟，你们要按朕的意思去做。”
孔奂流着泪回答说：“陛下因为饮食不当所以身体欠安，不用很久就能康复。皇太子年纪还轻，圣明的品德正在增加。安成王以皇上大弟之尊，如同周公辅佐成王，足以辅佐为政。陛下如果有废立的想法，我们虽然愚笨，实在不敢听到这样的诏命。”
文帝叹道：“古人那种直道而行的风范，今天我才发现在孔卿身上有这种遗风。”于是委任孔奂为太子詹事，让他去教导太子。陈文帝识人不明，将辅佐六尺之孤的重任托付给孔奂，也难怪有后来的结果。
不久，陈文帝去世，太子陈伯宗即位，大赦全国。尊称皇太后为太皇太后，皇后为皇太后，立妃子王氏为皇后。安成王陈顼为骠骑大将军、司徒、录尚书、都督中外诸军事，任命中军大将军徐度为司空，吏部尚书袁枢为左仆射，吴兴太守沈钦为右仆射，御史中丞徐陵为吏部尚书。
