Day 3 - Software Installation

LunaprimRose 2020.03.15

Day 3.png

Conda

Package, dependency and environment management for any language—Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN, and more

conda_logo.png

  • Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。

  • Conda 是为 Python程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件

  • 最流行的 Python环境管理工具

Anaconda & Miniconda

Anaconda

Anaconda® is a package manager, an environment manager, a Python/R data science distribution, and a collection of over 7,500+ open-source packages

Anaconda is free and easy to install, and it offers free community support

Anaconda.png

Miniconda

Miniconda is a free minimal installer for conda

It is a small, bootstrap version of Anaconda that includes only conda, Python, the packages they depend on, and a small number of other useful packages, including pip, zlib and a few others

Anaconda or Miniconda

Choose Anaconda if you:

  • Are new to conda or Python
  • Like the convenience of having Python and over 1,500 scientific packages automatically installed at once
  • Have the time and disk space---a few minutes and 3 GB
  • Do not want to individually install each of the packages you want to use

Choose Miniconda if you:

  • Do not mind installing each of the packages you want to use individually
  • Do not have time or disk space to install over 1,500 packages at once
  • Want fast access to Python and the conda commands and you wish to sort out the other programs later

Download

Anaconda

  1. Anaconda installer archive
  2. Tuna - Index of /anaconda/archive/
    1. Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh
    2. Anaconda3-2020.02-MacOSX-x86_64.sh
bio02@VM-0-10-ubuntu:~/src$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh
--2020-03-15 12:09:36--  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh
Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.8.193, 2402:f000:1:408:8100::1
Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.8.193|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 546910666 (522M) [application/octet-stream]
Saving to: ‘Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh’

Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh             100%[==============================================================================================>] 521.57M  3.70MB/s    in 2m 27s

2020-03-15 12:12:03 (3.56 MB/s) - ‘Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh’ saved [546910666/546910666]

Miniconda

  1. Miniconda installer archive
  2. Tuna - Index of /anaconda/miniconda/
    1. Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
    2. Miniconda3-py38_4.8.2-MacOSX-x86_64.sh
bio02@VM-0-10-ubuntu:~/src$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
--2020-03-15 12:04:02--  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.8.193, 2402:f000:1:408:8100::1
Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.8.193|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 89817099 (86M) [application/octet-stream]
Saving to: ‘Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh’

Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh         100%[==============================================================================================>]  85.66M  3.93MB/s    in 21s

2020-03-15 12:04:23 (4.11 MB/s) - ‘Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh’ saved [89817099/89817099]

Installation & Configuration

以 Linux Miniconda 为例

(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~/src$ bash Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh

Welcome to Miniconda3 4.8.2

In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>>
  1. 按 Enter 进行下一步
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>>
  1. 输入 yes 后按 Enter 进行下一步
Miniconda3 will now be installed into this location:
/home/bio02/miniconda3

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below

[/home/bio02/miniconda3] >>>
  1. 按 Enter 进行下一步
Do you wish the installer to initialize Miniconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>>
  1. 输入 no 后按 Enter 完成安装
  2. 启动 conda 
bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ source /home/bio02/miniconda3/bin/activate
  1. 禁止启动时激活 conda 基础环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda config --set auto_activate_base false
  1. 编辑 conda 配置文件 .condarc 
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ vim /home/bio02/.condarc
  1. 添加清华大学镜像站
channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  1. 清除索引缓存
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda clean -i

Use Miniconda

以安装 FastQC 为例

  1. 查看环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio02/miniconda3
  1. 新建 myenv 环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda create -n myenv python=3
  1. 启动 myenv 环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda activate myenv
  1. 搜索 FastQC 
(myenv) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda search -c bioconda fastqc
  1. 安装 FastQC 
(myenv) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda install -c bioconda fastqc -y
  1. 查看已安装软件
(myenv) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda list
# packages in environment at /home/bio02/miniconda3/envs/myenv:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                        main    defaults
ca-certificates           2020.1.1                      0    defaults
certifi                   2019.11.28               py38_0    defaults
fastqc                    0.11.9                        0    bioconda
font-ttf-dejavu-sans-mono 2.37                 h6964260_0    defaults
fontconfig                2.13.0               h9420a91_0    defaults
freetype                  2.9.1                h8a8886c_1    defaults
icu                       58.2                 h9c2bf20_1    defaults
ld_impl_linux-64          2.33.1               h53a641e_7    defaults
libedit                   3.1.20181209         hc058e9b_0    defaults
libffi                    3.2.1                hd88cf55_4    defaults
libgcc-ng                 9.1.0                hdf63c60_0    defaults
libpng                    1.6.37               hbc83047_0    defaults
libstdcxx-ng              9.1.0                hdf63c60_0    defaults
libuuid                   1.0.3                h1bed415_2    defaults
libxml2                   2.9.9                hea5a465_1    defaults
ncurses                   6.2                  he6710b0_0    defaults
openjdk                   8.0.152              h7b6447c_3    defaults
openssl                   1.1.1d               h7b6447c_4    defaults
perl                      5.26.2               h14c3975_0    defaults
pip                       20.0.2                   py38_1    defaults
python                    3.8.1                h0371630_1    defaults
readline                  7.0                  h7b6447c_5    defaults
setuptools                46.0.0                   py38_0    defaults
sqlite                    3.31.1               h7b6447c_0    defaults
tk                        8.6.8                hbc83047_0    defaults
wheel                     0.34.2                   py38_0    defaults
xz                        5.2.4                h14c3975_4    defaults
zlib                      1.2.11               h7b6447c_3    defaults
  1. 卸载 FastQC 
(myenv) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda remove fastqc -y
  1. 退出 myenv 环境
(myenv) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda deactivate
  1. 删除 myenv 环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda remove -n myenv --all
  1. 退出 conda 环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda deactivate

Customized environment

配置一个 ChIP - seq 分析环境

bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ source miniconda3/bin/activate
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda create -n chip-seq python=3
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda activate chip-seq
(chip-seq) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda install -c bioconda fastqc cutadapt bwa samtools macs2 -y

安装过程

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/bio02/miniconda3/envs/chip-seq

  added / updated specs:
    - bwa
    - cutadapt
    - fastqc
    - macs2
    - samtools


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    _r-mutex-1.0.0             |      anacondar_1           3 KB  defaults
    binutils_impl_linux-64-2.33.1|       he6710b0_7         3.7 MB  defaults
    binutils_linux-64-2.33.1   |      h9595d00_15          26 KB  defaults
    blas-1.0                   |              mkl           6 KB  defaults
    bwa-0.7.17                 |       hed695b0_7         523 KB  bioconda
    bwidget-1.9.11             |                1         116 KB  defaults
    bz2file-0.98               |           py37_1          13 KB  defaults
    bzip2-1.0.8                |       h7b6447c_0          78 KB  defaults
    cairo-1.14.12              |       h8948797_3         906 KB  defaults
    certifi-2019.11.28         |           py37_0         153 KB  defaults
    curl-7.68.0                |       hbc83047_0         135 KB  defaults
    cutadapt-2.6               |   py37h516909a_0         173 KB  bioconda
    dnaio-0.3                  |   py37h14c3975_1         129 KB  bioconda
    fribidi-1.0.5              |       h7b6447c_0         101 KB  defaults
    gcc_impl_linux-64-7.3.0    |       habb00fd_1        41.9 MB  defaults
    gcc_linux-64-7.3.0         |      h553295d_15          27 KB  defaults
    gfortran_impl_linux-64-7.3.0|       hdf63c60_1         7.8 MB  defaults
    gfortran_linux-64-7.3.0    |      h553295d_15          27 KB  defaults
    glib-2.63.1                |       h5a9c865_0         2.9 MB  defaults
    graphite2-1.3.13           |       h23475e2_0          98 KB  defaults
    gsl-2.4                    |       h14c3975_4         1.8 MB  defaults
    gxx_impl_linux-64-7.3.0    |       hdf63c60_1        15.0 MB  defaults
    gxx_linux-64-7.3.0         |      h553295d_15          26 KB  defaults
    harfbuzz-1.8.8             |       hffaf4a1_0         507 KB  defaults
    intel-openmp-2020.0        |              166         756 KB  defaults
    jpeg-9b                    |       h024ee3a_2         214 KB  defaults
    krb5-1.17.1                |       h173b8e3_0         1.3 MB  defaults
    libcurl-7.68.0             |       h20c2e04_0         431 KB  defaults
    libgcc-7.2.0               |       h69d50b8_2         269 KB  defaults
    libgfortran-ng-7.3.0       |       hdf63c60_0        1006 KB  defaults
    libssh2-1.9.0              |       h1ba5d50_1         269 KB  defaults
    libtiff-4.1.0              |       h2733197_0         447 KB  defaults
    libxcb-1.13                |       h1bed415_1         421 KB  defaults
    macs2-2.2.6                |   py37h516909a_0         1.5 MB  bioconda
    make-4.2.1                 |       h1bed415_1         415 KB  defaults
    mkl-2020.0                 |              166       128.9 MB  defaults
    mkl-service-2.3.0          |   py37he904b0f_0         218 KB  defaults
    mkl_fft-1.0.15             |   py37ha843d7b_0         154 KB  defaults
    mkl_random-1.1.0           |   py37hd6b4f25_0         321 KB  defaults
    numpy-1.18.1               |   py37h4f9e942_0           5 KB  defaults
    numpy-base-1.18.1          |   py37hde5b4d6_1         4.2 MB  defaults
    pango-1.42.4               |       h049681c_0         464 KB  defaults
    pcre-8.43                  |       he6710b0_0         209 KB  defaults
    pigz-2.4                   |       h84994c4_0          64 KB  defaults
    pip-20.0.2                 |           py37_1         1.7 MB  defaults
    pixman-0.38.0              |       h7b6447c_0         364 KB  defaults
    python-3.7.6               |       h0371630_2        44.9 MB  defaults
    r-base-3.5.3               |       h067a564_0        39.2 MB  defaults
    samtools-1.7               |                1         1.0 MB  bioconda
    setuptools-46.0.0          |           py37_0         510 KB  defaults
    six-1.14.0                 |           py37_0          27 KB  defaults
    tktable-2.10               |       h14c3975_0          86 KB  defaults
    wheel-0.34.2               |           py37_0          51 KB  defaults
    xopen-0.7.3                |             py_0          11 KB  bioconda
    zstd-1.3.7                 |       h0b5b093_0         401 KB  defaults
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       305.5 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  _r-mutex           pkgs/r/linux-64::_r-mutex-1.0.0-anacondar_1
  binutils_impl_lin~ pkgs/main/linux-64::binutils_impl_linux-64-2.33.1-he6710b0_7
  binutils_linux-64  pkgs/main/linux-64::binutils_linux-64-2.33.1-h9595d00_15
  blas               pkgs/main/linux-64::blas-1.0-mkl
  bwa                bioconda/linux-64::bwa-0.7.17-hed695b0_7
  bwidget            pkgs/main/linux-64::bwidget-1.9.11-1
  bz2file            pkgs/main/linux-64::bz2file-0.98-py37_1
  bzip2              pkgs/main/linux-64::bzip2-1.0.8-h7b6447c_0
  cairo              pkgs/main/linux-64::cairo-1.14.12-h8948797_3
  curl               pkgs/main/linux-64::curl-7.68.0-hbc83047_0
  cutadapt           bioconda/linux-64::cutadapt-2.6-py37h516909a_0
  dnaio              bioconda/linux-64::dnaio-0.3-py37h14c3975_1
  fastqc             bioconda/noarch::fastqc-0.11.9-0
  font-ttf-dejavu-s~ pkgs/main/noarch::font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-h6964260_0
  fontconfig         pkgs/main/linux-64::fontconfig-2.13.0-h9420a91_0
  freetype           pkgs/main/linux-64::freetype-2.9.1-h8a8886c_1
  fribidi            pkgs/main/linux-64::fribidi-1.0.5-h7b6447c_0
  gcc_impl_linux-64  pkgs/main/linux-64::gcc_impl_linux-64-7.3.0-habb00fd_1
  gcc_linux-64       pkgs/main/linux-64::gcc_linux-64-7.3.0-h553295d_15
  gfortran_impl_lin~ pkgs/main/linux-64::gfortran_impl_linux-64-7.3.0-hdf63c60_1
  gfortran_linux-64  pkgs/main/linux-64::gfortran_linux-64-7.3.0-h553295d_15
  glib               pkgs/main/linux-64::glib-2.63.1-h5a9c865_0
  graphite2          pkgs/main/linux-64::graphite2-1.3.13-h23475e2_0
  gsl                pkgs/main/linux-64::gsl-2.4-h14c3975_4
  gxx_impl_linux-64  pkgs/main/linux-64::gxx_impl_linux-64-7.3.0-hdf63c60_1
  gxx_linux-64       pkgs/main/linux-64::gxx_linux-64-7.3.0-h553295d_15
  harfbuzz           pkgs/main/linux-64::harfbuzz-1.8.8-hffaf4a1_0
  icu                pkgs/main/linux-64::icu-58.2-h9c2bf20_1
  intel-openmp       pkgs/main/linux-64::intel-openmp-2020.0-166
  jpeg               pkgs/main/linux-64::jpeg-9b-h024ee3a_2
  krb5               pkgs/main/linux-64::krb5-1.17.1-h173b8e3_0
  libcurl            pkgs/main/linux-64::libcurl-7.68.0-h20c2e04_0
  libgcc             pkgs/main/linux-64::libgcc-7.2.0-h69d50b8_2
  libgfortran-ng     pkgs/main/linux-64::libgfortran-ng-7.3.0-hdf63c60_0
  libpng             pkgs/main/linux-64::libpng-1.6.37-hbc83047_0
  libssh2            pkgs/main/linux-64::libssh2-1.9.0-h1ba5d50_1
  libtiff            pkgs/main/linux-64::libtiff-4.1.0-h2733197_0
  libuuid            pkgs/main/linux-64::libuuid-1.0.3-h1bed415_2
  libxcb             pkgs/main/linux-64::libxcb-1.13-h1bed415_1
  libxml2            pkgs/main/linux-64::libxml2-2.9.9-hea5a465_1
  macs2              bioconda/linux-64::macs2-2.2.6-py37h516909a_0
  make               pkgs/main/linux-64::make-4.2.1-h1bed415_1
  mkl                pkgs/main/linux-64::mkl-2020.0-166
  mkl-service        pkgs/main/linux-64::mkl-service-2.3.0-py37he904b0f_0
  mkl_fft            pkgs/main/linux-64::mkl_fft-1.0.15-py37ha843d7b_0
  mkl_random         pkgs/main/linux-64::mkl_random-1.1.0-py37hd6b4f25_0
  numpy              pkgs/main/linux-64::numpy-1.18.1-py37h4f9e942_0
  numpy-base         pkgs/main/linux-64::numpy-base-1.18.1-py37hde5b4d6_1
  openjdk            pkgs/main/linux-64::openjdk-8.0.152-h7b6447c_3
  pango              pkgs/main/linux-64::pango-1.42.4-h049681c_0
  pcre               pkgs/main/linux-64::pcre-8.43-he6710b0_0
  perl               pkgs/main/linux-64::perl-5.26.2-h14c3975_0
  pigz               pkgs/main/linux-64::pigz-2.4-h84994c4_0
  pixman             pkgs/main/linux-64::pixman-0.38.0-h7b6447c_0
  r-base             pkgs/r/linux-64::r-base-3.5.3-h067a564_0
  samtools           bioconda/linux-64::samtools-1.7-1
  six                pkgs/main/linux-64::six-1.14.0-py37_0
  tktable            pkgs/main/linux-64::tktable-2.10-h14c3975_0
  xopen              bioconda/noarch::xopen-0.7.3-py_0
  zstd               pkgs/main/linux-64::zstd-1.3.7-h0b5b093_0

The following packages will be DOWNGRADED:

  certifi                                 2019.11.28-py38_0 --> 2019.11.28-py37_0
  pip                                         20.0.2-py38_1 --> 20.0.2-py37_1
  python                                   3.8.1-h0371630_1 --> 3.7.6-h0371630_2
  setuptools                                  46.0.0-py38_0 --> 46.0.0-py37_0
  wheel                                       0.34.2-py38_0 --> 0.34.2-py37_0



Downloading and Extracting Packages
libssh2-1.9.0        | 269 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
mkl_fft-1.0.15       | 154 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
gsl-2.4              | 1.8 MB    | ########################################################################################################################################## | 100%
numpy-1.18.1         | 5 KB      | ########################################################################################################################################## | 100%
gfortran_linux-64-7. | 27 KB     | ########################################################################################################################################## | 100%
fribidi-1.0.5        | 101 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
bwidget-1.9.11       | 116 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
wheel-0.34.2         | 51 KB     | ########################################################################################################################################## | 100%
libxcb-1.13          | 421 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
gxx_linux-64-7.3.0   | 26 KB     | ########################################################################################################################################## | 100%
cutadapt-2.6         | 173 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
gcc_impl_linux-64-7. | 41.9 MB   | ########################################################################################################################################## | 100%
mkl-2020.0           | 128.9 MB  | ########################################################################################################################################## | 100%
python-3.7.6         | 44.9 MB   | ########################################################################################################################################## | 100%
libtiff-4.1.0        | 447 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
pip-20.0.2           | 1.7 MB    | ########################################################################################################################################## | 100%
libgfortran-ng-7.3.0 | 1006 KB   | ########################################################################################################################################## | 100%
make-4.2.1           | 415 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
certifi-2019.11.28   | 153 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
pcre-8.43            | 209 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
mkl_random-1.1.0     | 321 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
macs2-2.2.6          | 1.5 MB    | ########################################################################################################################################## | 100%
libgcc-7.2.0         | 269 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
bzip2-1.0.8          | 78 KB     | ########################################################################################################################################## | 100%
glib-2.63.1          | 2.9 MB    | ########################################################################################################################################## | 100%
curl-7.68.0          | 135 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
six-1.14.0           | 27 KB     | ########################################################################################################################################## | 100%
dnaio-0.3            | 129 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
xopen-0.7.3          | 11 KB     | ########################################################################################################################################## | 100%
pango-1.42.4         | 464 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
graphite2-1.3.13     | 98 KB     | ########################################################################################################################################## | 100%
pixman-0.38.0        | 364 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
r-base-3.5.3         | 39.2 MB   | ########################################################################################################################################## | 100%
gxx_impl_linux-64-7. | 15.0 MB   | ########################################################################################################################################## | 100%
gfortran_impl_linux- | 7.8 MB    | ########################################################################################################################################## | 100%
jpeg-9b              | 214 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
intel-openmp-2020.0  | 756 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
blas-1.0             | 6 KB      | ########################################################################################################################################## | 100%
binutils_linux-64-2. | 26 KB     | ########################################################################################################################################## | 100%
mkl-service-2.3.0    | 218 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
pigz-2.4             | 64 KB     | ########################################################################################################################################## | 100%
krb5-1.17.1          | 1.3 MB    | ########################################################################################################################################## | 100%
gcc_linux-64-7.3.0   | 27 KB     | ########################################################################################################################################## | 100%
cairo-1.14.12        | 906 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
_r-mutex-1.0.0       | 3 KB      | ########################################################################################################################################## | 100%
samtools-1.7         | 1.0 MB    | ########################################################################################################################################## | 100%
harfbuzz-1.8.8       | 507 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
setuptools-46.0.0    | 510 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
numpy-base-1.18.1    | 4.2 MB    | ########################################################################################################################################## | 100%
tktable-2.10         | 86 KB     | ########################################################################################################################################## | 100%
bz2file-0.98         | 13 KB     | ########################################################################################################################################## | 100%
binutils_impl_linux- | 3.7 MB    | ########################################################################################################################################## | 100%
zstd-1.3.7           | 401 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
libcurl-7.68.0       | 431 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
bwa-0.7.17           | 523 KB    | ########################################################################################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

导出环境配置

(chip-seq) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda env export > chip-seq.yaml

chip-seq.yaml

name: chip-seq
channels:
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - _libgcc_mutex=0.1=main
  - _r-mutex=1.0.0=anacondar_1
  - binutils_impl_linux-64=2.33.1=he6710b0_7
  - binutils_linux-64=2.33.1=h9595d00_15
  - blas=1.0=mkl
  - bwa=0.7.17=hed695b0_7
  - bwidget=1.9.11=1
  - bz2file=0.98=py37_1
  - bzip2=1.0.8=h7b6447c_0
  - ca-certificates=2020.1.1=0
  - cairo=1.14.12=h8948797_3
  - certifi=2019.11.28=py37_0
  - curl=7.68.0=hbc83047_0
  - cutadapt=2.6=py37h516909a_0
  - dnaio=0.3=py37h14c3975_1
  - fastqc=0.11.9=0
  - font-ttf-dejavu-sans-mono=2.37=h6964260_0
  - fontconfig=2.13.0=h9420a91_0
  - freetype=2.9.1=h8a8886c_1
  - fribidi=1.0.5=h7b6447c_0
  - gcc_impl_linux-64=7.3.0=habb00fd_1
  - gcc_linux-64=7.3.0=h553295d_15
  - gfortran_impl_linux-64=7.3.0=hdf63c60_1
  - gfortran_linux-64=7.3.0=h553295d_15
  - glib=2.63.1=h5a9c865_0
  - graphite2=1.3.13=h23475e2_0
  - gsl=2.4=h14c3975_4
  - gxx_impl_linux-64=7.3.0=hdf63c60_1
  - gxx_linux-64=7.3.0=h553295d_15
  - harfbuzz=1.8.8=hffaf4a1_0
  - icu=58.2=h9c2bf20_1
  - intel-openmp=2020.0=166
  - jpeg=9b=h024ee3a_2
  - krb5=1.17.1=h173b8e3_0
  - ld_impl_linux-64=2.33.1=h53a641e_7
  - libcurl=7.68.0=h20c2e04_0
  - libedit=3.1.20181209=hc058e9b_0
  - libffi=3.2.1=hd88cf55_4
  - libgcc=7.2.0=h69d50b8_2
  - libgcc-ng=9.1.0=hdf63c60_0
  - libgfortran-ng=7.3.0=hdf63c60_0
  - libpng=1.6.37=hbc83047_0
  - libssh2=1.9.0=h1ba5d50_1
  - libstdcxx-ng=9.1.0=hdf63c60_0
  - libtiff=4.1.0=h2733197_0
  - libuuid=1.0.3=h1bed415_2
  - libxcb=1.13=h1bed415_1
  - libxml2=2.9.9=hea5a465_1
  - macs2=2.2.6=py37h516909a_0
  - make=4.2.1=h1bed415_1
  - mkl=2020.0=166
  - mkl-service=2.3.0=py37he904b0f_0
  - mkl_fft=1.0.15=py37ha843d7b_0
  - mkl_random=1.1.0=py37hd6b4f25_0
  - ncurses=6.2=he6710b0_0
  - numpy=1.18.1=py37h4f9e942_0
  - numpy-base=1.18.1=py37hde5b4d6_1
  - openjdk=8.0.152=h7b6447c_3
  - openssl=1.1.1d=h7b6447c_4
  - pango=1.42.4=h049681c_0
  - pcre=8.43=he6710b0_0
  - perl=5.26.2=h14c3975_0
  - pigz=2.4=h84994c4_0
  - pip=20.0.2=py37_1
  - pixman=0.38.0=h7b6447c_0
  - python=3.7.6=h0371630_2
  - r-base=3.5.3=h067a564_0
  - readline=7.0=h7b6447c_5
  - samtools=1.7=1
  - setuptools=46.0.0=py37_0
  - six=1.14.0=py37_0
  - sqlite=3.31.1=h7b6447c_0
  - tk=8.6.8=hbc83047_0
  - tktable=2.10=h14c3975_0
  - wheel=0.34.2=py37_0
  - xopen=0.7.3=py_0
  - xz=5.2.4=h14c3975_4
  - zlib=1.2.11=h7b6447c_3
  - zstd=1.3.7=h0b5b093_0
prefix: /home/bio02/miniconda3/envs/chip-seq

用 environment.yml 配置文件创建环境

(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda env create -f chip-seq.yaml
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