配置Rstudio的下载镜像
- 初级模式
在R软件tool目录下Global options选择Packages单元将Primary CRAN repository修改为中国的清华镜像。
（但是这个是CRAN的镜像，如果要下载Bioconductor的包，这个镜像是没有办法用的；另外即使设置了这里，Rstudio也不是每次都能真的从CRAN去下载包，可以通过options()$repos来检验，很多时候还是无奈地回到了R的国外官网，速度超慢😛）（参考；生信星球学习小组，Day6） - 升级模式
# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源
# 当然可以换成其他地区的镜像
学习R包
R包的安装
- 确定所需安装的包在CRAN还是在Biocductor。（谷歌搜索）
2.安装包
>install.packages("包")
>BioManager：：install（"包"）
R包的加载
>library(ggplot2)
>requir(ggplot2)
dplyr五个基础函数
- mutate(),新增列
-
select(),按列筛选
筛选列 - dplyr两个使用函数
3.1 管道操作%>%(Ctrl+Shift+M)
image.png
3.2 count()统计某列
image.png
dplyr处理关系数据
1.內连inner_join,取交集
内连接
2.左连left_join
左连接
3.全连full_join
注；全连接是连接的两个数据框需含有相同列，如by=‘x’
全连接
不可以全连接
4.半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join
image.png
5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join
反连接
6.简单合并
注意：变量（x,y,i,o,）的不同所组成的数据框的差异！！！
bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数
bind_col()
bind_row()
