之前一直在摸索kegg路径的可视化,由于kegg的路径是手绘而非自动生成,所以一直找不到思路。直到今天看到一位大神的回答才突然醒悟。大神的回答网址
再回顾pathview的运算过程,突然醒悟:原来pathview是首先下载xml文件和png文件,然后利用xml抽提出代谢物和代谢路径的位置信息,然后在png图上进行绘画渲染。
基于这个原理,其实我们可以在matlab上进行更多的操作!!!*
基于该设想,我查看了kegg的路径信息:
如在hsa0110的路径中:
其中反应所使用的图片为poly:
其中给出了所属的反应信息、poly的四个定点的位置信息。
该信息给出了化合物的编号、位置和半径。
【主要思路:我们可以根据这些重要的信息,利用python、r或matlab重新绘制图片,或者原图上通过编程重新进行渲染绘制。】
2019-1-28 更新
通过对xml的解析的数据,完全可以根据line和poly的位置信息实现kegg的重新绘制。