1．朝廷的两记闷棍
同治三年（1864）六月，湘军所挖地道有一条侥幸穿到南京城下。南京城被攻破。
湘军平定太平天国，很多人认为曾国藩镇压了代表进步力量的太平天国运动，是不可饶恕的罪恶。但是也有一些不同角度的分析和判断。
太平天国的最大问题是要毁灭全部中国文化。钱穆认为，太平天国如果只致力推翻清王朝，是可能成功的。但是他们还要全部推翻中国历史文化，就不可能成功了。
除了文化理念外，太平天国的地方治理能力远低于清政权。老百姓的生存状况，远不如清政府的治下。
冯友兰说：曾国藩是不是把中国推向前进是可以讨论的，但他确实阻止了中国的倒退。
曾国藩兄弟满心以为，立下如此天字第一号的大功，朝廷会立加颁赏。不料朝廷下谕旨严厉指责了曾国荃，说他不指挥战斗不一鼓作气生擒贼首，反而急着回来写奏折，分明着急表功。
七月十一日，朝廷又给曾国藩发下一道廷寄，追问天京财富下落。旁敲侧击，训斥曾国荃。
2．曾国荃的“经济问题”
之所以朝廷发了这两道谕旨，一来狡兔已死，走狗当烹，慈禧对湘军疑惧之心大增之下，给予压制和分裂。
另一个原因，是朝廷对曾国荃的贪婪素来厌恶，南京城下之后湘军的大抢劫大屠杀让他进一步臭名昭著。仗打完了，曾国荃积累的恶名遭到了报应，收获了那道声色俱厉的上谕。
3．自剪羽毛，让曾老九离职
曾国藩知道兄弟二人权势已达峰巅，现在最需要做的是自剪羽毛。他的应对，一是奏请曾国荃辞职返乡，另一个是主动裁撤湘军。
朝廷因此对曾国藩态度大为改变，一是不再追究曾国荃的问题，放手让曾国藩治理两江，对湘军其他骨干照旧放手任用，也不再追究天京城内财宝的下落，还宣布湘军军费不必逐一造册送户部审查，直接报销，以表示对曾国藩的信任。曾国藩：“……闻此恩旨，直如罪人遇赦，大病将愈，感激涕零。”
4．与左宗棠的恩怨情仇
南京城被攻破后，李秀成等人护送着幼天王冲出城墙。曾国荃判断天王府火势猛烈，幼天王等应该已经死于火中。因此他第一时间贸然向曾国藩汇报说，幼天王“积薪宫殿，举火自焚”，曾国藩相信了弟弟，也如是向朝廷汇报。
但是没想到幼天王居然千里奔逃到湖州，投奔了当时太平军余部中的堵王黄文金部。更没想到的是，湘军将领左宗棠不先禀告他，直接将此消息报告了朝廷。
应该说，左宗棠的一生事业，受曾国藩之提携甚力。他之所以这么做，有可能是纠缠了他一生的“科举情结”和“瑜亮情结”。
左宗棠自幼就自命不凡，以为自己肯定能早早科名发达，不料连年落第，后来是曾国藩推荐成为了浙江巡抚。他认为“上天不公”和“科举无用”，曾国藩中进士，点翰林，很快做到侍郎。所以左宗棠看待曾国藩，下意识地一直戴着有色眼镜。
左宗棠平生以诸葛自命。每与友人书，自署“老亮”，“今亮或胜于古亮”。他认为曾国藩在舞台当中占据了本来应该属于他的“主角”位置。曾国藩正是直接阻碍他成为“今亮”的罪魁祸首。
失和之后，曾国藩从来没有公开说过左氏一句坏话，做到了“相忘于江湖”。 然而，左宗棠每见一人，都要谈他与曾国藩关系的来龙去脉。每谈此事，则必“大骂”曾国藩。
曾国藩对左宗棠的攻击不闻不问，不予回答。要求自己的亲朋好友及家人不要回击左宗棠，避免火上浇油，反而鼓励他们尽量与左宗棠搞好关系。
同治五年（1866），左宗棠出任陕甘总督，受命镇压西捻军。后又因为西北地区回教起义导致局势动荡不安，左宗棠继续西征。曾国藩回任两江总督，其辖下的江苏乃西征军重要的饷源地。
左宗棠反担心曾国藩不实心实意支持他，破坏他成就大功。然而曾国藩分内的军饷就源源不断，不但足额而且及时。
除此之外，在左宗棠“剿”捻及西征中，曾国藩又将最得意的部下刘松山交给左宗棠使用。刘松山屡立巨功，对左宗棠帮助极大。
左宗棠第一次对曾国藩产生了发自内心的敬重和钦佩。这是曾左关系上的一个重要转折点。曾国藩去世后，身在西北前线的左宗棠派人千里迢迢送来一副谁也没有料到的挽联： 谋国之忠，知人之明，自愧不如元辅。 同心若金，攻错若石，相期无负平生。 终于承认自己不如曾国藩。
