Pymol简介
Pymol是一款操作简单,功能强大的分子以及蛋白的可视化软件,由薛定谔公司研发,科研人员可以从官网申请最新教育版本,同时pymo的开源版(https://github.com/schrodinger/pymol-open-source),可以直接从网站上下载,但是版本较老。所以,根据需求选择版本进行下载。
本次选用版本为pymol 2.3.0,直接从官网申请的教育版本。
1:界面
pymol界面分为菜单栏,命令行框,以及蛋白操作界面,蛋白展示界面。
2:Pymol 操作
内容:导入蛋白,并显示不同的形态。
DEMO:
(1)导入蛋白
a:直接命令行输入
fetch PDBid
b:从PDB下载蛋白文件,从菜单栏file导入
(2)展示蛋白不同形态
此为pymol可以进行蛋白展示的6种representation,
操作为:
pymol蛋白操作界面,点击字母S,出现的框中,出现上述representation
3:Pymol蛋白动画制作
These make you look like a master of PyMOL.
DEMO:制作一个简单的蛋白旋转动画
制作一个类似的动画,对于清楚的展示你做要表达的内容十分重(la)要(feng)。
pymol的动画制作是一个比较繁琐的流程翁,此处教授一个简单的DEMO,方便入门。
流程:
Movie->Program->Camera->X-Roll->N Seconds
或者
Movie->Program->Camera->Y-Roll->N Seconds
导出流程:
File->Export Movie As -> MPEG->选择GIF->save movie as->输入文件名称
So you just like a master.
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