学习内容
1.安装R(基础)和Rstudio(人性化一些的界面)
注意:所有的软件都安装在c盘哦,然后系统用户名最好是不要用中文,写代码最怕中文字符串哦!
- 生信0基础第一步,下载R和Rstudio并且安装在自己的电脑上面。官网链接是
R:下载地址
RStudio:下载地址 - 下载后根据提示先装R再装RStudio(用搜狗微信搜索:[“果子学生信 给自己一个全新的R语言环境”]查看地址
,也可看生信技能树(哔哩哔哩有教程))
2.粗略了解R语言是什么,干什么的,认识Rstudio的工作界面
- R语言资源汇总:地址
-
R是一种编程语言,也是统计计算和绘图的环境,它汇集了许多函数,能够提供强大的功能。
R语言软件界面简陋,通常不直接使用,而是用图形界面的Rstudio。
RStudio是免费提供的开源集成开发环境(IDE)。RStudio提供了一个具有很多功能的环境,使R更容易使用,是在终端中使用R的绝佳选择。
尝试作图
plot(rnorm(50))
- plot() 默认做散点图,rnorm(50) 产生50个服从正态分布的随机数
- plot()函数是R中画x-y两个变量的函数;用runif()函数产生了两列随机数:x1,y1,然后用plot()函数直接画图。
rnorm()函数产生一系列的随机数,随机数个数,均值和标准差都可以设定。
2.
boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))
- boxplot() 用于绘制盒式图,col 用于设置绘图的颜色,横坐标irisSepal.Length
- iris是一个R语言自带的数据框,通常用作示例。iris$Sepal.Length表示iris数据框的Sepal.Length这一列数据。以此类推。
- 具体更多详情可见R语言boxplot绘图函数地址
3.学会外观设置和基本操作
-
下载打开后在tools----global opations设置分别设置pakage和外观
- 基本操作
- 用Rproject管理工作目录
所谓工作目录就是默认的读取和储存位置,也就是说,R语言只能和一个文件夹进行互动,这个文件夹非常重要,做不好就会导致你的脚本、文件、图片各种乱跑,找不到。
查看这一篇,养成好习惯:
正常情况下关于工作目录的介绍是:
设置工作目录:setwd()
查看工作目录:getwd()
这样的话,只设置了一个工作目录。下面介绍如何并行多个项目,也就是多个工作目录。
第一步:绿色加号灰色底——new directory——new project——命名及路径选择【填好文件夹名后(其实给文件夹命名了,也就等于给project命名了,二者同名)点击Create Project,就打开了一个新的session,不干扰目前正在进行的项目】
这个方法是从生信技能树的R语言视频中学来的。附上链接:
第二步:打开project
生信技能树创始人jimmy推荐,只用这一个方法打开Rstudio。那么下次再要打开这个项目时,只需要在文件夹中找到这个R project,双击打开即可。
2.显示文件列表
直接打命令不跟路径会显示哪里?显示默认路径,也就是工作目录。
相当于linux的ls。
3.加减乘除
4.赋值
- 赋值符号用<-,这是小于号加上减号,也可以按Alt加上减号
x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x, 赋值后,x会显示在右上角的框,Environment里的Value列表里
直接输入x 回车,就会把x的值(3)打印到控制台上,前面的那个[1]是结果的第一个。
5.删除变量
> a<-3
> b <- 1
> c <- 4
> u <- 5+6
> rm(b)
> rm(u,c)
> rm(list = ls())
#清空所有变量
6.列出历史命令
history()
7.清空控制台
快捷键ctrl+l
结语
(如果已经安装或者基础较好,可以看下R for Data Science的第一章,系统学习作图。 对照原书看,百度R for Data Science 第一个结果就是了,免费。)