今天将为大家介绍小麦的特有的生物学网站,该数据库是由国际小麦基因组测序联盟(International Wheat Genome Sequencing Consortium, IWGSC)维护,是小麦非常重要的测序数据库。
IWGSC 2018年8月17日在Science杂志上公布了六倍体小麦的最新参考基因组[1]。包含14.5Gb参考基因组大小,涵盖107,891个高可信度的基因,此外还有161,537个低可信度的基因。原始测序数据存于NCBI的SRA数据库,登录号为SRP114784。
网址链接:Home - IWGSC
一、六倍体小麦的参考基因组获取
进入该页面后,可以看到有主要以下四个功能菜单。
download 界面的参考基因组下载界面
$ wget https://urgi.versailles.inra.fr/download/iwgsc/IWGSC_RefSeq_Assemblies/v1.0/iwgsc_refseqv1.0_all_chromosomes.zip
二、blast选项
对于研究一个基因序列,最常见和首要的工作相比就是blast了,iwgsc同样也提供了该选项,在线网址操作,非常简单。
三、基因组在线浏览器功能
根据选择染色体可以浏览正义链和反义链的基因序列,包括翻译后的蛋白质,这个功能非常实用,
四、intermine功能
在这里,输入基因ID就可以得到该基因的fasta序列和长度以及物理位置。
还可以批量注释,在analyse选项,输入多个基因,就可以得到多个基因的注释,这个是一个非常高效的工具
五、总结
IWGSC网址功能还有很多,本文只是简单介绍了一些常用的工具。希望各位小伙伴多研究这个网址,必定大有收获。
参考文献:
IWGSC. Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome. Science, 2018, 361(6403): eaar7191.