蛋白对接-ZDOCK

ZDOCK简介

ZDOCK一种基于快速傅里叶变换的刚性蛋白对接程序，由University of Massachusetts Medical School创建。
ZDOCK会搜索两个蛋白的所有的平移以及旋转空间，然后给每一种可能的Pose进行打分，打分函数为基于能量的打分函数，其计算了势能，空间互补以及电场力。
目前由两个版本：3.0.3以及2.3.2.
本次教程使用2.3.2

操作

材料

ZDOCK上的算例

算例

（1）进入网站

http://zdock.umassmed.edu/
界面很简单，两个input protein，第一个input protein 在对接中会静止不动，一般会将比较大的蛋白放上去。第二个input protein 在对接中会进行移动以及旋转，一般放比较小的蛋白。
输入你的email，你的Job的id号以及结果会发到你的邮箱，ZDOCK版本选择2.3.2，其余不变。

ZDOCK界面

（2）使用算例进行运算

直接点击最下面的example1的input。
出现以下界面，protein输入有两种模式，一种是将本地的PDB文件上传，一种是直接输入PDB id编号。

注：ZDOCK两个蛋白对接的时候不允许出现相同的链名，如果出现相同的链名，你的结果会变得很奇怪，请手动进行选择以及修改。

已经选择完毕的界面

（3）选择binding残基以及block 残基

点击提交按钮
选择binding残基，意味着已经预先知道可能有结合的残基部位，即所谓的关键残基。
而block残基，意味着已知的对结合没有作用的残基部位。
通过上述两者的选择，可以有效的缩小对接范围，产生所需要的构象。
本次不进行残基的选择。
黄色的部位代表的是蛋白的可视化界面（其实没多大用处）

残基选择

（4）等待结果

选择完毕后点击提交按钮，下一个界面中选择ok，知道最后出现这个界面，查看自己的邮箱，等待结果。

i等待结果

（5）下载结果

直接进入，第二封邮件，点击链接进入下载界面。
Download Files中有四个选项：
ZDOCK Output：包含有配置以及打分信息，从第6行开始，最后一列为打分，红框标出
Receptor PDB：输入的受体蛋白文件
Ligand PDB：输入的配体蛋白文件
Top 10 Predictions：打分最高的10个Pose
点击Top 10 Prediction下载结果，解压文件，使用可视化软件进行查看，Pymol，Chimera，VMD等等。