siRNA（小干扰RNA）、shRNA（短发夹RNA）和RNAi（RNA干扰）是密切相关的概念，指的是细胞利用RNA分子调节基因表达的一种机制。
RNAi是发生在细胞中调节基因表达的一个自然生物过程。
它涉及使用小RNA分子，如siRNAs或microRNAs (miRNAs)，有选择地瞄准并降解携带制造蛋白质指令的特定信使RNA (mRNA)分子。这一过程有效地沉默或减少了目标基因的表达。
siRNA是一种可以在实验室中合成的RNA分子，用于诱导细胞中的RNAi。
它通常是一种双链RNA分子，被设计为与特定mRNA分子互补。一旦siRNA被引入细胞，它就会被细胞机制处理成更小的RNA分子，称为小干扰RNA（siRNA），然后与目标mRNA结合并触发其降解，从而减少目标基因的表达。
shRNA是一个单一的RNA分子，它自身折叠形成一个发夹结构。
像siRNA一样，它可以被设计成与特定的mRNA分子互补。一旦shRNA被引入细胞，它就会被细胞机制处理成类似siRNA的分子，可以与目标mRNA结合并触发其降解，导致目标基因的表达减少
siRNA和shRNA的主要区别在于其结构和传递方式
siRNA通常从细胞外传递到细胞，shRNA则通常从DNA模板在细胞内表达，该模板通过转染或病毒转导被引入细胞。shRNA被细胞机器转录成发夹状的RNA分子，其中包含目标mRNA的有义和反义链。然后，发夹结构被细胞机器加工成类似siRNA的分子，能与目标mRNA结合并降解。
siRNA通常在短时间内有效，而shRNA可以稳定地整合到细胞的基因组中，允许长期基因敲除。
虽然siRNA是RNAi研究中常用的工具，但还有其他类型的RNA分子也能诱导RNAi，如微RNA（miRNA）和短发夹RNA（shRNAs）。这些分子与siRNA相似，可用于靶向特定mRNA分子并诱导其降解，但它们的结构和作用机制不同。
如何选择：siRNA还是shRNA？
siRNA通常用于短期基因敲除实验，因为它可以直接传递到细胞或组织中，并在相对较短的时间内有效。当目标是同时敲除多个基因时，它也很有用，因为可以设计不同的siRNA来针对不同的基因。
shRNA对长期基因敲除实验很有用，因为它可以稳定地整合到细胞的基因组中，并在较长的时间内表达。当目标是创造稳定的细胞系，减少特定基因的表达，或研究体内基因敲除的效果时，它也很有用。
在传递方面，siRNA可以通过各种方法传递到细胞，包括转染、电穿孔或病毒转导。ShRNA通常通过病毒转导传递，因为这样可以稳定地整合到基因组中。
其他基因调控模式
microRNA (miRNA)
一种小的非编码 RNA 分子，也可以与特定的 mRNA 分子结合并阻止它们翻译成蛋白质。与 siRNA 一样，miRNA 参与 RNA 干扰 (RNAi)，可用于研究基因功能或作为潜在的治疗剂。
CRISPR-Cas9
一种基因组编辑工具，可用于通过诱导 DNA 断裂和促进基因破坏来靶向和沉默特定基因。近年来，CRISPR-Cas9 已成为基因编辑和基因治疗的有力工具。
