已知:mRNA的转录动力学由转录速率(α)、剪接速率(β)和降解速率(γ)决定,未剪接和剪接mRNA之间的平衡可以预测细胞状态。
- cellDancer使用DNN预测每个细胞特定的α,β和γ;
- cellDancer DNN的关键步骤是定义一个损失函数,并根据每个细胞预测的未来剪接和未剪接mRNA与观察到的邻域细胞之间的相似性来训练DNN;
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以单细胞分辨率推断α、β和γ,而不是现有方法(Velocyto、scVelo等)中使用的批量速率。
参考文献:Nature Biotechnology, 2023, 10.1038/s41587-023-01728-5.