1646年农历八月，清军进入福建，隆武帝和皇后在汀州被俘，随即遇难。这一下南明又群龙无首了，于是各方势力开始拥立自己认定的皇位人选。
这里面呼声最高的是桂王朱由榔，他是明神宗的孙子，在当时也是神宗唯一幸存的子孙。而遇难的隆武帝论谱系比朱由榔远的多。隆武帝登基之前是唐王，是朱元璋第二十三子唐王朱桱的八世孙。只不过唐王身处东南，南明的政治经济中心都在此地，所以他被拥戴登基，并且得到了南明广大地区的认可。
隆武帝遇难后，原先准备拥立桂王的人觉得时机到了，开始做起了准备工作。朱由榔先做了监国，下一步就是登基称帝了。谁想到在这时有人截胡了。1646年农历十一月初五朱聿鐭在苏观生等人的拥戴下在广州称帝，改明年为绍武元年，这便是南明绍武帝。
朱聿鐭是南明隆武帝朱聿键的弟弟。清军进攻福建后，朱聿鐭和其它一些藩王从海路逃到了广州。而此时由于赣州陷落，桂王等人一下子从广东肇庆逃到了广西梧州，这令广东的士人大失所望。在加上原隆武朝大学士苏观生以及其他一些在广州的人士遭到了排挤，于是他们决定拥戴此时的唐王朱聿键称帝。
而桂王人马为了收拾人心，在十一月十二日返回肇庆。十一月十八日桂王登基称帝，改明年为永历元年。朱由榔便是历史上的永历帝。这一下在广东的境内有了两个皇帝，两个政权，整个南明控制区内的官员都比较懵，不过这次绍武帝没有像他哥哥一样得到大多数人的承认。
绍武帝的使者处处碰壁，非常尴尬。永历朝的兵科给事中彭燿、兵部职方司郎中陈嘉谟来到广州，劝说绍武帝取消帝号，希望大家勠力同心，抗击外敌。结果苏观生大怒，下令将二人处斩，并马上组织军队讨伐肇庆。
于是在清军步步紧逼的情况下，南明内部的两个政权却开始了激战。双方在广东三水县城西交战，绍武政权的军队大败。永历的军队乘胜直逼广州，这时候绍武的军队诱敌深入，利用地形优势，在泥沼中将永历政权的军队几乎全部消灭了。
战败的消息传到肇庆，永历朝廷上下惊恐不安。这时的情形让人感觉南明的正统应该归绍武帝了，然而后面的历史告诉我们，永历帝是南明在位时间最长的皇帝，没人再提及“绍武”了。到底发生了什么呢？
这又是一个螳螂捕蝉，黄雀在后的故事。
绍武政权的主力都在和永历政权作战，后方大本营广州空虚，而清军李成栋部趁机发起了突袭。清军从福建进入广东，一路上如入无人之境。农历十二月十五日，清军前锋以帕包头，伪装成明朝军队，出其不意地闯入广州。当天绍武帝幸武学，百官云集。有人报告清军来袭，苏观生还以妄言惑众之罪下令处斩。结果转眼之间，清军登上城墙，随即去掉伪装，露出辫子，乱箭下射，城中顿时鼎沸起来。此时再组织抵抗已经来不及了，在南明历史上广州第一次的陷落非常迅速，让人感觉做梦一般。而广州陷落不久，永历政权再次撤往广西。
绍武帝被俘后，李成栋派人送饮食，他说：“吾若饮汝一勺水，何以见先帝于地下。”最后自缢而死。苏观生在墙壁上写了“大明忠臣，义固当死”八个大字后悬梁自尽。后人将绍武帝、苏观生等十五人，葬于广州城北象岗山北麓。绍武政权的其他一部分大臣降清，居留在广州亲王、郡王有十六人，都被清军处斩。
绍武君臣以死报国不可谓不壮烈，不过对于整个南明来说，这意味着最大的财税之地广东轻落敌手。
有人说，明朝是中国历史上唯一做到了内部长达二百年和平的朝代。这样长的时期留下了无比灿烂的文化，也会有一些副作用。明朝官员的内斗功夫应该是这副作用之一吧，从北京、南京到福建、广东，内斗一直没停过。哪怕清军兵峰已经到了福建、江西，大明的官员们似乎已经修炼到了无视外物的境界，反射弧特别长，以致对内的私心蒙蔽了对外的警觉。
而这样的日子以后还远远没有结束，随着各种势力的加入，情势会越来越复杂。老天对南明还是很够意思的，谁能想到，此时攻取广东的李成栋两年后会率全省反正归明。可是内部问题不能解决，该失去还是要失去。
