STR基本思路
注:STR中有个点是性别分型:Amelogenin
STR分析流程
STR数据库
STR软件:
一些call snv/indel的软件定点查找也能找到STR,比较麻烦。
TSSV:https://pypi.org/project/tssv/
lobSTR:https://sourceforge.net/projects/lobstr/
STRait Razor:https://github.com/Ahhgust/STRaitRazor#documentation
HipSTR:https://github.com/tfwillems/HipSTR
STRSCan:http://darwin.informatics.indiana.edu/str/
对上面的lobSTR、STRait Razor、HipSTR、STRSCan做了整体的结果对比,同时与GATK,Varscan等call突变的软件进行对比,HipSTR的整体结果更好,且输出结果文件为vcf格式,可读性更强。