pyscenic在通过loom文件读入单细胞数据运行,最后会生成所有的文件,包括最后一步AUCell的结果,但是实际提取时会发现regulon信息的缺失,The attribute 'Regulons' is not available in this loom file. The loom doesn't contain regulon information,如下:
重新查看log文件,会发现运行过程中出现了报错,AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'split',可能loom文件和pyscenic版本之间一些不匹配导致的。
解决办法:
手动把/path/to/loompy/utils.py (见报错的log文件就可以知道这个文件在哪)第27行改成如下形式,然后重新跑一遍第三步AUCell的计算就可以搞定。
vf = int("".join(get_loom_spec_version(f)[0].split(".")))