先在GSEA下载R的包。
代码如下
install.packages("devtools")
devtools::install_local("GSEA_R-master.zip")
library(GSEA)
??GSEA::GSEA
GSEA::GSEA("Genderf_hgu133a.gct",
"Gender.cls",
input.chip = "NOCHIP",
gs.db = "msigdb.v7.2.symbols.gmt",
output.directory = getwd(),
doc.string ="gsea_result",
reshuffling.type = "sample.labels",
nperm = 1000,
weighted.score.type = 1 )
input：
image.png
昨天到现在，几乎跑了一整天，但是还是没有跑出结果。
不知道是哪里出了问题？
