文章题目：Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachio
文章链接：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-1686-3
菜鸟团的这期推文都是硬汉派的生信技术流，或者是我完全没有头绪的植物相关文献推荐，我有点hold不住，所以呢这里面就直接用的推文中对文献的解释了哦～
这篇文章是植物相关的，不过菜鸟团中一句话介绍这篇文章时说-通过结合基因组，基因家族研究，转录组，比较组学，群体遗传和表型组学去研究开心果，虽然我hold不住呢，但是还是阅读了一遍原文的，希望感兴趣的小伙伴去关注这篇文献吧！
背景
开心果（Pistacia vera）是世界上最重要的商业化坚果作物之一，其具能够适用各种非生物胁迫，特别耐受干旱和盐胁迫。
Pistachio (Pistacia vera), one of the most important commercial nut crops worldwide, is highly adaptable to abiotic stresses and is tolerant to drought and salt stresses.
生词
pistachio 开心果
underpinning 基础、支持
precipitation降雨量
alkaline碱性
reforestation再造林
domestication 驯化 crop domestication
salinity tolerance-related 耐盐相关的 salinity tolerance-related markers and stress response mechanisms
结果
在这里，研究者通过开心果的从头基因组组装以及大规模基因组重测序，并且通过比较基因组分析，发现了开心果的应激适应可能归因于扩大的细胞色素P450和几丁质酶基因家族。特别是，比较转录组学分析表明，茉莉酸（JA）生物合成途径在开心果的耐盐性中起重要作用。此外，我们重新测序了93个品种和14个野生P.rara基因组和35个密切相关的野生黄连木基因组，以提供对其种群结构，遗传多样性和驯化的更深入的解。研究者发现在不同的野生黄连木中发生了频繁的遗传混合种类。比较群体基因组分析显示，开心果在大约8000年前被驯化，并且表明与树木和种子大小相关的驯化的关键基因经历了人工选择。
结论
该研究提供了开心果适应性，驯化的遗传基础的深入了解。该黄连木基因组序列的组装应有助于未来的研究，了解沙漠作物与农学和环境相关性状的遗传基础。
个人评价
短短一篇文章就结合了基因组，基因家族，转录组，比较组学，群体遗传和表型组学多个方向的研究。文章的分析方法，研究思路值得每个生信初学者仔细的研究，有条件的同学如果能重复出文章内容，将会对多个方面的研究有更深入的了解。
上面都是引用的菜鸟团的内容。
