爱新觉罗王朝取代明朝入主中原后，除维持这种朝贡关系外，一般不干涉藩属国的政治，也不向藩属国派驻军队，除非藩属国国王地位不稳或发生战事，请求爱新觉罗王朝派军队前往协助时才派军队。
爱新觉罗王朝政府为了加强对民族事务和藩属国的管理，于1636年皇太极称帝时，设立专门机构“蒙古衙门”，1638年6月改名为“理藩院”，专管外藩事务。
理藩院下设六司，分管具体外藩事务，“掌外藩之政令，制其爵禄，定其朝会，正其刑罚。”其中柔远司、徕远司掌管除少数民族以外的外藩事务。
理藩院在京城正阳门附近设置驿馆和译馆，供藩属国朝贡时下榻用。
由于到了爱新觉罗王朝，朝贡不玩定价收购，藩邦朝贡自然没了多大油水，来的兴趣就顿时少了许多。
最早与爱新觉罗王朝确立藩属国关系的就是朝鲜，在爱新觉罗王朝没有进关之前，1637年（崇德二年）就确立两国的关系为朝贡关系。
直到乾隆年间，爱新觉罗王朝朝贡国才有七个：朝鲜、琉球、安南、暹罗、苏禄、南掌、缅甸。
之后，爱新觉罗王朝的主要藩属国有朝鲜、琉球、安南、缅甸、暹罗（泰国）、廓尔喀（尼泊尔）、哲孟雄（锡金）等。
先说爱新觉罗王朝与朝鲜的关系。
在爱新觉罗王朝兴起以前，朝鲜与明朝保持着传统的亲密关系：
明洪武元年．朱元璋遣使至朝鲜赐玺书，从而确立起两国间的宗藩关系。
1636年，皇太极率兵新征朝鲜，攻占朝鲜京都汉城，朝鲜国王在国家存亡之际，接受了清军的条件投降，停用明朝年号，断绝与明朝的一切交往，并奉爱新觉罗王朝为宗主。
爱新觉罗王朝定都北京以后，双方使节每年往来不断。
朝鲜方面，每年除有贺冬至、贺正朔、贺圣节、纳岁币的四次固定朝贡使节外，还有多种不定期使节来华。
爱新觉罗王朝则赐予朝鲜大量的物品，在两国边境开市贸易以通有无。如与朝鲜国的边境贸易就是在鸭绿江东岸、图门江东岸等地，进行牝马、人篸等物品的交易；而且，还在京城正阳门开市，允许朝鲜等藩属国买卖货物。
爱新觉罗王朝与琉球国的宗藩关系要写一笔。
琉球国，今日本冲绳县。
自明初以来，琉球与中国的关系就很密切。
明朝洪武皇帝朱元璋封琉球国酋长为国王，以后“无代不受封，无期不朝贡。”
至爱新觉罗王朝时，琉球国仍尊大清皇帝为宗主。
爱新觉罗王朝建立以后，琉球使节于1646年来华，受到顺治帝的接见。从此，琉球使节与爱新觉罗王朝往来不断。
1662年，爱新觉罗王朝派遣兵科副礼官张学礼为正使出使琉球。
此后，每逢琉球新王继位，都有爱新觉罗王朝使节前往册封与庆贺。
1663年（康熙二年）和1756年（乾隆二十一年），爱新觉罗王朝皇帝两次赐印给琉球国王，乾隆所赐之印写有“琉球国王之印”字样。
直至19世纪60年代，琉球始终承认自己是爱新觉罗王朝的藩属。
爱新觉罗王朝政府规定，每三年朝贡一次，由福建入境。
琉球国在光绪初还有朝贡，但后因日本国多次威胁清朝政府，爱新觉罗王朝政府无奈与琉球断绝宗藩关系。
