Day1 高效学习平台和方法推荐
Day2-3Linux基础
Day4-6 R语言基础
Day7 测序知识
今日待解决问题:
- 理解conda、miniconda和anaconda
- 并完成miniconda的下载、安装与激活
- 练习使用miniconda
- 定制conda分身
1. conda、miniconda和anaconda
用苹果手机类比,在IOS系统中要使用微信或者其他软件,势必需要先通过app store下载。那么在linux系统中,conda就是那个“app store”。他们的关系如下:
2. miniconda的下载、安装与激活
2.1. 登录Xshell并登录账号,uname -a 查询系统位数(查出来64,此处略),在官网中右键复制相应链接网址。
2.2. 进入昨日新建目录biosoft(cd命令),用 wget + 右键复制的链接网址 执行下载命令。
2.3. 用 bash + 下载完成的安装包名称(见上图) 执行安装命令。然后开始疯狂Enter,见到一个 [yes/no] ,就打yes再Enter。
2.4. 恭喜!!安装成功!!
2.5. 输入 source ~/.bashrc 命令激活conda(这一步输完没任何反应),接着在输入 conda出现一堆代码就说明成功了!!
2.6. 添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes
3. 练习使用miniconda
其实上面列表中展示了conda的功能,有list、search、install、remove、run、update等等。但我还是先跟着花花的教程做了一下 fastqc 的搜索~
接着是安装(conda install fastqc -y)和卸载(conda remove fastqc -y)。
tips: -y =yes