学习内容:
- 一代、二代、三代测序
- 二代测序的大体流程
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NGS组学都包含哪些分类
原理理解
一代测序(桑格尔-双脱氧链终止法):利用一种DNA聚合酶来延伸结合待定序列模板上的引物,直到参入一种链终止核苷酸为止,反应体系1-4---引物、DNA聚合酶、四种dNTP。
二代测序(循环阵列合成测序法):将基因组DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面(Flowcell),这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后,在Flow cell上形成数以亿计Cluster,每一个Cluster是具有数千份相同模板的单分子簇,然后利用带荧光基团的四种特殊脱氧核糖核苷酸,通过可逆性终止的边合成边测序技术对待测的模板DNA进行测序。
二代测序流程(illumina测序)
1、DAN文库构建(sample preparation),利用超声波把DNA样本打断成小片段,小片段两端加上不同的接头,构建单链DNA文库。
2、Flowcell, 用于吸附DNA片段的槽道,文库中的DNA在通过Flowcell的时候会随机附着在Flowcell的表面的泳道上,泳道表面都附着有很多接头,能和建库过程中加载DNA片段的两端接头相互配对,并能支持DNA在其表面进行桥式PCR扩增。
3、桥式PCR扩增与变性,桥式PCR以Flowcell表面所固定的接头为模板,进行桥形扩增,通过不断的扩增和变性,最终每个DNA片段都将在各自的位置上集中成束。
4、测序,边合成边测序,反应体系(DNA聚合酶、接头引物、带有碱基特异荧光标记的4种dNTP),收集荧光信号,最后利用计算机分析将荧光信号转化为测序碱基。
今天学习测序相关的知识,也是一直想学的,但是没有好好认真去学习的,可能真正理解还需要一些时间。