- scalefactors_json.json 文件:
这个文件记录了用户提供的原始图像、空间输出中的图像和Visium阵列之间的相对比例。记录了用户上传的图像、空间输出图像和Visium阵列之间的相对比例尺度。这个文件包含以下字段：
-
regist_target_img_scalef: 这是一个缩放因子，用于将原始、全分辨率显微镜图像中的像素位置转换为图像配准中使用的降采样版本的像素位置。 -
tissue_hires_scalef: 这是一个缩放因子，用于将原始、全分辨率图像中的像素位置转换为tissue_hires_image.png中的像素位置。 -
tissue_lowres_scalef: 这是一个缩放因子，用于将原始、全分辨率图像中的像素位置转换为tissue_lowres_image.png中的像素位置。 -
fiducial_diameter_fullres: 这是原始、全分辨率图像中一个基准点（fiducial spot）直径所跨越的像素数。 -
spot_diameter_fullres: 这是原始、全分辨率图像中一个点（spot）直径所跨越的像素数。此字段用于可视化目的，并且可以根据不同幻灯片设计的变化而变化，范围从60-70微米。点直径和点位置是估计值。最好使用校准过的显微镜的已知像素尺寸，而不是试图从点直径推断像素尺寸。
这些字段的目的是帮助用户在不同分辨率的图像之间进行精确的转换和对齐，确保图像分析的准确性。例如，如果一个图像被降采样或放大，这些缩放因子允许用户将图像中的点或特征从一个尺度映射到另一个尺度。基准点和点的直径信息对于图像的校准和特征的可视化非常重要。
例子
- 文件内容:
{
"tissue_hires_scalef": 0.17011142,
"tissue_lowres_scalef": 0.051033426,
"fiducial_diameter_fullres": 144.4773339857,
"spot_diameter_fullres": 89.43834961021503
}
- 比例因子计算:
这些值是基于一个成年小鼠大脑数据集得出的,原始图像尺寸为11291 x 11757像素。比例因子的计算公式为:
比例因子 = 目标尺寸 / max(原始图像宽度, 原始图像高度)
tissue_hires_scalef的计算:
高分辨率组织图像(tissue_hires_image.png)的最大尺寸为2000像素。
tissue_hires_scalef = 2000 / 11757 ≈ 0.17tissue_lowres_scalef的计算:
低分辨率组织图像(tissue_lowres_image.png)的最大尺寸为600像素。
tissue_lowres_scalef = 600 / 11757 ≈ 0.05spot_diameter_fullres和fiducial_diameter_fullres:
这两个值是在原始图像中spot直径和定位点直径的估计像素数。它们基于配准解决方案以及已知的spot和定位框架大小进行估计,而不是使用图像像素尺寸的先验知识。像素尺寸估计:
使用spot直径估算像素尺寸: 微米/像素 = 65 / 89.44 ≈ 0.73Visium HD的特殊情况:
对于Visium HD, spot_diameter_fullres指的是Visium HD方块的边长(2 µm)。
这些比例因子和直径值对于将原始高分辨率图像中的坐标转换为处理后的低分辨率图像中的坐标非常重要,在空间转录组学数据的处理和可视化中起着关键作用。
- tissue_positions.csv 文件:
这个文件包含了与每个spot相关的信息,主要列包括:
- barcode: 与spot相关的条形码序列。
- in_tissue: 二进制值,表示spot是否在组织内(1)或组织外(0)。
- array_row 和 array_col: spot在阵列中的行列坐标。
- pxl_row_in_fullres 和 pxl_col_in_fullres: spot中心在全分辨率图像中的像素坐标。
- spatial_enrichment.csv 文件:
这个文件包含了每个特征(基因或蛋白质)的Moran's I值,用于评估空间富集程度。文件包括:
- Feature ID: 特征的唯一标识符。
- Feature Name: 特征名称。
- Feature Type: 特征类型(基因表达或抗体捕获)。
- I: Moran's I值,范围从-1(完全分散)到1(完全富集)。
- P value 和 Adjusted p value: 统计显著性。
- 其他列: 包括特征计数、中位数归一化平均计数等。
这些文件共同提供了空间转录组学数据的重要信息,包括图像处理、spot定位和基因空间分布等方面的数据
