GATK4 非Spark模式运行
更新时间：2022-02-15 GMT+08:00
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操作步骤
- 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
- 执行以下命令，BWA index对fasta文件构建索引。
bwa index -a bwtsw human_g1k_v37.fasta
- 执行以下命令，BWA mapping对fastq文件进行比对。
gatk CreateSequenceDictionary -R human_g1k_v37.fasta -O human_g1k_v37.dict
bwa mem -M -t 64 human_g1k_v37.fasta SRR742200_1.fastq SRR742200_2.fastq > SRR7.sam
- 执行以下命令，Reorder对基因序列进行重新排序。
gatk ReorderSam -I SRR7.sam -O SRR7_reorder.bam -R human_g1k_v37.fasta
- 执行以下命令，Sort对基因序列按照坐标顺序从大到小排序。
gatk SortSam -I SRR7_reorder.bam -O SRR7_sorted.bam --SORT_ORDER coordinate
- 执行以下命令，Add head对基因序列进行加头处理。
gatk AddOrReplaceReadGroups -I SRR7_sorted.bam -O SRR7_addhead.bam -LB lib1 -PL illumina -PU unit1 -SM 20
- 执行以下命令，Mark Duplicates对基因序列去重。
gatk MarkDuplicates -I SRR7_addhead.bam -M test.metric -O SRR7_markdup.bam
- 执行以下命令，BQSR进行重新校准。
- 执行以下命令对fasta参考文件进行重新排列生成fai文件。
samtools faidx human_g1k_v37.fasta > human_g1k_v37.fai
2. 执行以下命令给vcf文件加index。
gatk IndexFeatureFile -F dbsnp132_20101103.vcf
gatk BaseRecalibrator -I SRR7_markdup.bam --known-sites dbsnp132_20101103.vcf -O SRR7_bqsr.bam -R human_g1k_v37.fasta
gatk ApplyBQSR -bqsr SRR7_bqsr.bam -I SRR7_markdup.bam -O SRR7_aybqsr.bam
- 执行以下命令，HaplortypeCaller变异流程检测。
gatk HaplotypeCaller -I SRR7_aybqsr.bam -O SRR7_raw.vcf -R human_g1k_v37.fasta
