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在贵由决定取消成吉思汗其余各支已开始享有的、并不断扩大的自主权时，他与长支，即赤术家族之首拔都发生了冲突。 1248 年初，他们之间的关系十分紧张，以致双方都在开始备战。贵由在巡视他的叶密立世袭领地的借口下，离开哈拉和林西进。与此同时，拔都已经得到拖雷家族的指挥人物、唆鲁禾帖尼公主的秘报，也向谢米列契耶进军。他一直抵达离海押立（今卡帕尔城附近）不到 7 天路程的阿拉喀马克。巴托尔德解释说他到达了位于伊塞克湖和伊犁河之间的阿拉套。这次冲突似乎是不可避免了，直到贵由由于长期的酗酒暴食衰竭而死，他死于距别失八里一天路程的途中。巴托尔德认为他可能死于乌伦古河地区；伯希和说是在别失八里（今济木萨）东北部。中国史书把贵由去世的时间定在 1248 年 3 月 27 至 4 月 24 日之间。当时他仅 43 岁。贵由的去世很可能使欧洲免遭一次可怕的灾难。贵由梦想的不只是打败钦察汗——根据迦儿宾的记载——而且要征服基督教世界。无论如何，他似乎已经把注意力专注于欧洲。然而，拖雷家族宗王们的继位——先是蒙哥，然后主要是忽必烈——将把蒙古人的主要努力引向远东。
斡兀立 · 海迷失很想把王位传给窝阔台系的一位王子，要么是贵由的侄儿失烈门，或者最好是传给她与贵由所生的忽察（ Qucha ，当时还很年幼）。但是，作为成吉思汗家族之首的拔都在这些事情上起了主导作用，他决定排除窝阔台系。更准确地说，他与拖雷的遗孀唆鲁禾帖尼（或名莎儿合黑塔尼）联合起来，唆鲁禾帖尼是克烈部人（王罕脱斡邻勒的侄女），因此也是一位聂思托里安教徒，她不但精明，还很明智。早些时候，当贵由对许多成吉思汗宗王们有损于国家的、滥用权利的罪行进行严肃调查时，已经证实了由于她的缘故，拖雷家族的行为自始至终被认为是无可指责的。现在，在她看来，她家族的转机来到了。她可以说服拔都提名她与拖雷所生的长子蒙哥为大汗。因此，大约于 1250 年在伊塞克湖以北、拔都的阿拉喀马克营地，为此目的召开了库里勒台，会上，拔都推举和强加于大会的人选正是蒙哥。然而，投票赞成蒙哥的只有术赤和拖雷家族的代表。正如巴托尔德所指出的那样，窝阔台和察合台家族的代表们或者是未出席这次集会，或者是在选举前就离开了阿拉喀马克。当他们得知蒙哥的提名后，他们拒绝承认这次选举，理由是这次集会是在远离成吉思汗的圣地的地方召开的，无论如何，参加的人数很不充分。因此，拔都决定在斡难河，或者怯绿连河畔的原蒙古圣地上再召集一次有更多的人出席的库里勒台。他邀请窝阔台和察合台家族的成员们参加，当然，他的邀请遭到了拒绝。
不顾他们的反对，拔都委托他的弟弟别儿哥在怯绿连河畔的阔帖兀阿兰重新召集了一次库里勒台。别儿哥不顾窝阔台家族的抗议（该家族的成员们拒绝承认他们从王位上被排挤掉），也不顾支持该家族的察合台兀鲁思首领也速蒙哥的抗议，宣布蒙哥为大汗（据志费尼记是 1251 年 7 月 1 日）。于是，帝国的统治权最终从窝阔台家族转归拖雷家族。
蒙哥即位时 43 岁，他是继成吉思汗之后最杰出的蒙古大汗。蒙哥沉默寡言、不好侈靡和狂饮暴食，唯一的乐趣是打猎。他使札撒和祖辈的戒律恢复其原来的严厉性。他是一位能干的领袖和严厉而公正的管理者（他支付了他的前辈们签字而未付款的大量票据），他是一位头脑冷静、有理智的政治家，是一名优秀的战士。因此，他完全恢复了成吉思汗建立起来的强有力的机器。在任何情况下，他都没有放弃他的种族特征（他的继承者忽必烈也是如此），他加强了行政管理机构，把蒙古帝国建设成为一个正规的大国。在他统治初期，他对拔都的感恩（实际是拔都使他当上了皇帝）如果不是在法律上，那么也是在事实上导致了一种权力的分裂，正如巴托尔德所指出的，实际上拔都由于这种权力在巴尔喀什湖以西地区内实行独立统治。
包括南方在内的中国全境第一次落入突厥－蒙古族征服者手中。这是 5 世纪的拓跋氏突厥人和 12 世纪的女真氏通古斯人都没有实现的事业，忽必烈最终完成了。正是他实现了 10 个世纪以来“所有居毡帐”民，即世世代代的游牧民们，所抱有的蒙眬梦想。草原上漫游的牧民们，即“灰狼和红色雌鹿的所有子孙们”，随着忽必烈一起，最终成了中国——整个亚洲定居农民中人口最稠密的地区——的主人。然而，征服是缓慢的，足以抵销它所产生的坏影响。确实，尽管这位游牧民的后代忽必烈可能征服了中国，然而，他本人已经被中国文明所征服。因此，他能够认识到其政策的始终如一的目标：成为真正的“天子”，使蒙古帝国成为中国帝国。实现这一目标的路敞开了。宋朝一灭亡，他就成了具有 15 个世纪悠久历史的帝国的合法君主。他的王朝，取名为元朝（ 1280 － 1368 年），只希望追随以往的 22 个中国王朝的步伐。中国化的明显标志是：“忽必烈从阿里不哥手中夺回和林后，从来没有到那儿去住过。 1256 － 1257 年，他选择今察哈尔东、多伦诺尔附近的上都府为夏季驻地，在此建了一群宫殿。 1260 年，他在北京建都。 1267 年，他开始在原北京建筑群的东北营建新城，他称之为大都，即“伟大的都城”，也被称为“可汗之城”，西方游人称“汗八里”。它成为蒙古君主们的冬季驻地，而上都府仍是他们的夏季驻地。
