生信学习day6-马龙

1. 配置Rstudio的下载镜像

1.配置镜像的原因

为了加速下载R包

2.镜像配置的方法:https://mp.weixin.qq.com/s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw

1.初级模式:在工具栏里设置:Rstudio 的tools-package-primary CRAN repository 弊端:是CRAN的镜像,如果要下载Bioconductor的包,这个镜像是没有办法用的;另外即使设置了这里,Rstudio也不是每次都能真的 CRAN去下载包,很多时候还是无奈地回到了R的国外官网,速度超慢

  1. Rstudio 代码设置
  2. 运用 R的配置文件 .Rprofile
    -运用 file.edit('~/.Rprofile')编辑文件

2 R包

1 安装与加载

install.packages(“包”)
BiocManager::install(“包”)
library(包)
require(包)
*一定要下载较新的版本的 R,由于我刚开始下载的R为3.1.0,所以导致老出现dplyr安装错误

Snipaste_2021-07-28_20-05-35.png

3 dplyr五个基础函数

1. mutate(),新增列

image.png

2.select(),按列筛选

image.png

image.png

上图的意思是先把vars赋予Petal.Length", "Petal.Width“两列数的含义,然后再筛选出vars
如果把qq赋值Sepal.Length,结果就是下图


image.png

3.filter()筛选行

image.png

4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

image.png

5.summarise():汇总

image.png

dplyr两个实用技能

1:管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)

(加载任意一个tidyverse包即可用管道符号)

image.png

2:count统计某列的unique值

image.png

dplyr处理关系数据

1.內连inner_join,取交集

image.png

2.左连left_join

image.png

3. 全连full_join

image.png

4.半连接:返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join

5.反连接:返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join

image.png

6.简单合并

在相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数; 注意: bind_rows()函数需要两个表格列数相同,而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数。

image.png
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