课程三：linux环境下的软件安装

学习内容：

• 第一步：简单了解conda--“linux的应用商店”
• 第二步：给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。
• 第三步：安装和配置miniconda
• 第四步（重点）：使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个，今天这里仅是入门操作。
• 第五步（选修），不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。（不理解就跳过吧）

我看大家都是先上流程图：

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第一步：软件管理Miniconda

最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。

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来源：https://m.umu.cn/session/article/2jzz4ea87

第二步： conda介绍

2.1 百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）

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第三步： 安装和配置miniconda

3.1 登录服务器

（1）查看自己电脑是多少位的

• 打开终端--输入uname -a命令
  
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（2）进入biosoft目录

命令：`cd ~/biosoft`

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3.2安装最新版本（latest）

（1）说明

• 为小白解释一句：服务器和你的电脑是相互独立的，服务器弄不坏尽管玩。你的电脑好不好、什么系统，并不影响你使用服务器。（来自Day2内容 ）

• sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。
  来源：https://m.umu.cn/session/article/2jzz3cb26

• 这里的Miniconda-linux、Miniconda-mac、Miniconda-windows是各自针对三个相应的服务器系统，并不是说我的电脑是mac就应该下载“Miniconda3-MacOSX”，因为我们学习的是linux系统下的软件下载，所以应该选择“Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh”。如果希望在mac系统下运行，那么才应该下载“Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh”。服务器上面的操作系统为服务器提供服务的，与本地电脑上的操作系统不是一个意思。

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(2) 右键-复制下载链接

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（3）粘贴复制的下载链接
用到wget命令

• 「for Windows」请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴；
• 「for Mac」直接cmd + c 复制，cmd + v粘贴

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（4）开始安装

11.在bash中输入bash命令，将启动一个子bash程序，用$exit命令退出子程序

输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令

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安装成功！

（5）最后还得激活（很重要！！）

source ~/.bashrc 来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了.
如果报错，说明你可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令。

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激活成功

（6）如果有失败的话

不成功就将miniconda这个目录删除，还记得删除文件夹怎么做吧？
然后从“怎么安装miniconda”开始重来！！
注意不要删除安装包哈，要不还得浪费时间在下载上。

安装有问题，可以参考演示视频【无声版】
链接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码：iwcd4k

（7）添加镜像

• 所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

• 把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车（注意理解代码的意思）
  注意，下面的代码断行显示可能有问题，总共4行哈。

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

井号也常出现在一行的开头，或者位于完整指令之后，这类情况表示符号后面的是注解文字，不会被执行。参考: DoubleLi

• conda也是舶来品，之前我们一直在用的国内镜像中科大和清华被列为无授权镜像，又经历了改用官方镜像的尴尬，但后来又传来了好消息，清华源重启。
• Windows用户请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，是鼠标左键和右键
• Mac用户比较方便，可以直接cmd+c复制，cmd+v到Terminal/iterm2中粘贴

• 我的傻问题：老师，我没有在我的服务器账号里面找到Terminal/iterm2目录，请问老师，这个是要自己重新建一个目录吗？
  老师的解答：terminal和iterms是你电脑上的软件，不是文件夹。
  此时已经打开了这个英文叫terminal中文叫终端的软件。

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第四步（重点）：使用miniconda

【这里以数据质控软件fastqc为例】

• 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
• 搜索conda软件 conda search fastqc
• 安装软件 conda install fastqc -y
• 检查软件是否安装成功：
• 卸载软件conda remove fastqc -y
• 检查软件是否卸载成功：

PS：检查软件是否安装成功

（1）失败的经历一：

• 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list

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• 搜索conda软件 conda search fastqc
  【这里以数据质控软件fastqc为例】
  

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• 安装软件 conda install fastqc -y
  【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes，你可以试试不加-y有什么区别】

默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

• 卸载软件conda remove fastqc -y

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反思：是因为我在中途执行了cd命令吗？
解决：中途不执行cd命令。

（2）失败的经历二：
重复步骤：

• 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
• 搜索conda软件 conda search fastqc
• 安装软件 conda install fastqc -y
• 检查软件是否安装成功：输入fastqc
• 卸载软件conda remove fastqc -y
• 检查软件是否卸载成功：输入fastqc

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反思：是因为软件的问题吗？
老师有提到最新软件有BUG。

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解决：下面重新安装老版本conda install fastqc=0.11.7 -y

（3）失败的经历三：重新安装老版本

• 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
• 搜索conda软件 conda search fastqc
• 安装软件 conda install fastqc=0.11.7 -y
• 检查软件是否安装成功：输入fastqc
• 卸载软件conda remove fastqc=0.11.7 -y
• 检查软件是否卸载成功：输入fastqc

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刘老师在群里问了我：提问一下怎么查帮助文档@旮旯里的山大王 ，你这个问题没有搞清楚。
反思：可能是我在检查软件是否成功这一步错了吗？但是在教程里面就是输入的fastqc，并不是像这个一样：检查软件是否安装成功
重点：喜从天降，哈哈哈哈，再来一遍试试！！

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（4）希望是最后一遍

• 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
• 搜索conda软件 conda search fastqc
• 安装软件 conda install fastqc -y
• 检查软件是否安装成功：输入fastqc --help
• 卸载软件conda remove fastqc -y
• 检查软件是否卸载成功：输入fastqc --help

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这里，真的好感谢两位老师的解答！！！！

第五步：.“conda 环境”（选修）

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

5.1 先查看当前conda有哪些环境

conda info --envs (前面带*的就是默认的)

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5.2 建立一个名叫rnaseq的conda环境

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)

命令：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

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5.3 再次查看conda环境

命令：conda info --envs

创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base。所以要激活新的conda环境。

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5.4 激活新的conda环境

命令：conda activate rna-seq

conda activate rna-seq ，这时默认的*就会转移到rna-seq前面；
另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（了解一下：其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看，虽然，，并不需要仔细看，就是给你提供下安全感而已。）
如果要退出当前环境，就运行conda deactivate。

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5.5 小结：

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最后，今儿老费劲了，特别感谢花花老师和刘小泽老师的指导👍👍，前两天也很感谢，嘿嘿～～～🌹🌹