热图绘制-fold change值-R

setwd("D:/Desktop/all")    #设置工作目录,处理fold值数据

library("pheatmap")    #加载pheatmap包

data = read.csv('a1.csv',row.name=1)    #将文件a1.csv读入到data中

data[data< -3]=-3    #对fold值进行处理,小于-3的均写成-3

data[data>3]=3     #对fold值进行处理,大于3的均写成3

pdf("a1.pdf")     #将热图存入文件名为a1.pdf中,也可不先输出,使用下一条语句查看热图情况

pheatmap(data)     #绘制热图 #pheatmap(data,cluster_cols=F,cluster_rows=F,show_rownames = F,fontsize = 16)   cluster_cols=F 行不聚类,cluster_rows=F列不聚类,show_rownames=F去掉行名,fontsize定义字体大小;pheatmat(data, color = c("white","lightcoral"))  #示例数据中只有0和1,0是白色,1是浅珊瑚色,非连续型;(查找颜色可以直接搜R颜色)

dev.off()     #保存并关闭文件

#修改颜色后再绘制热图

color<-colorRampPalette(c('#436eee','white','#ee0000'))(100)   #颜色设置呈蓝至红渐变,要修改颜色的话,直接改变括号内颜色

pheatmap(data,color = color, cluster_cols=F,cluster_rows=F,show_rownames = F,fontsize = 16)    #添加颜色项

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