还记得生信技能树的传送门系列吗？转录组、甲基化、ChIP-Seq、lncRNA、编程实战、还有已经在更新中的Hi-C......几乎大家关心的数据分析都可以在大树里找到入门和进阶教程。最近看到小伙伴们很希望看到完整的ATAC-Seq分析教程，甚至在某群里呼吁众筹。虽然说所有的NGS数据分析都有类似的道理，ATAC-Seq和ChIP-Seq更是具有相似的分析方法，但是小伙伴们在实战中可能仍然有困惑：
- ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同在哪里？
- 用和ChIP-Seq一样的参数Call peaks正确吗？
- 得到peaks后怎么进行质量评估？
- 样本内的重复怎么处理？
- 样本间的差异怎么分析？
- 怎么对peaks进行功能注释分析？
- 如何找motif?
- ATAC-Seq和ChIP-Seq和RNA-Seq的整合分析怎么做？
以上一些困惑也是我在学习ATAC-Seq分析时遇到的问题，期间自己查资料、参加相关讲座和培训，这些困惑逐渐被揭开，就开始整理这些资料，资料整理的时候发现了一处宝藏——Harvard Chan Bioinformatics Core (HBC)的深度NGS数据分析课程，该课程的第5部分是关于ChIP-Seq，仔细看了一下内容，非常赞，整体思路和绝大部分分析方法都适合ATAC-seq。而这个课程生信技能树里是推荐过的彻底入门生物信息学，可能需要12天！，不知道有多少人看过这个课程？当时有很多人反映打不开相关链接，可能也有一部分人觉得英文看着不方便或是一个人学着没劲头。
这里就再次推荐这个课程，并以该课程的翻译为主，同时加上ATAC-Seq分析与ChIP-Seq的异同以及ATAC-Seq分析的一些心得，与大家一起学习并打造ATAC-Seq的入门和高阶传送门。
ATAC-Seq/ChIP-Seq整个分析的流程图：
接下来要更新的内容：
- 第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同
- 第2篇：原始数据的质控、比对和过滤
- 第3篇：用MACS2软件call peaks
- 第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools
- 第5篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC
- 第6篇：重复样本的处理——IDR
- 第7篇：用Y叔的ChIPseeker做功能注释
- 第8篇：用网页版工具进行motif分析
- 第9篇：差异peaks分析——DiffBind
- 第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
- 额外篇：文献推荐和解读
参考资料：
HBC深度NGS数据分析课程：
https://github.com/hbctraining/In-depth-NGS-Data-Analysis-Course
第五部分ChIP-Seq课程：
https://github.com/hbctraining/In-depth-NGS-Data-Analysis-Course/tree/master/sessionV/lessons
