故事从封面开始，小恩是一个瘦弱的女孩，手里拿着一把小铲，还捧着一盆向日葵，硕大的花盘发出金色的如太阳一般的光彩，照亮了周围的房屋和台阶。小恩穿着一身水蓝色的裙子，与天空的颜色相融合，笑容像天使般纯净美丽。
小恩和奶奶在花园里采摘西红柿，小恩跪在地上，手里捧着西红柿递给奶奶。她对待果实是那样虔诚：阳光把温暖带给土地，土地把果实奉献给人类。金黄色的向日葵、金黄色的叶子、五颜六色的花、橘红的西红柿、奔跑撒欢的小狗、在田野间穿梭的汽车构成了小恩温馨美好的田园生活。
小恩家的生活遇到了困难，爸爸妈妈都失去了工作，家里没有了经济来源，她只知道自己要独自离开家，投奔从未见过的舅舅。小恩很懂事，愿意用自己稚嫩的肩膀来帮助舅舅分担工作。
小恩坐上了去舅舅家的火车。火车摇摇晃晃，女儿在妈妈的歌谣中睡着了，恋人相互依偎着睡着了，小恩箱子中装着花种子的信封摇摇晃晃的掉下来了，百日菊种子、大波斯菊种子、金盏花种子……小恩睡着了，梦见了自己的小花园。不管小恩去哪里，她都会把花种子带到哪里，她带着满满的希望上路了。
吉姆舅舅在城里有一个小小的面包店，是一个光秃秃的没有颜色的小楼。可是这光秃秃的小楼在小恩的眼睛里，是一个大大的花园，她好像已经看到了花台子上开满了红的黄的紫的花朵。
舅舅总是眉头紧皱的样子，好像不会笑，接小恩回家的时候没有笑，念小恩写的长诗时没有笑，做蛋糕裱花的时候没有笑，在店里忙碌时还是不笑。小恩想看到舅舅笑。
小恩每天上学、学做面包、帮舅舅做事，剩下的时间全交给了她的花。渐渐的，面包间里有了花，面包店里有了花，连面包店的橱窗前、大门上、整个小楼的所有花台子上，都开满了美丽的花。店里的顾客越来越多，是这些鲜花让人们频频驻足欣赏，鲜花给大家带来了美丽的色彩、迷人的芬芳，每一个光顾蛋糕店的人都面带微笑，被这芳香馥郁的鲜花吸引。渐渐地，层层叠叠的鲜花让这座小楼变得光彩照人。连走在街上的流浪汉手里也拿着一束鲜花，他闻着花香，嘴角露出了幸福的微笑，至少，在那一刻，他是满足的、幸福的。卖菜的小贩也把菜摊摆在蛋糕店旁边，他的脸上也挂着微笑，每一个路人都无法忽视眼前的美丽。
小恩发现了闲置的顶楼，想把它秘密建造成一个小花园送给舅舅，那个时候，舅舅一定会笑了吧？顶楼花园准备好的那天，小恩用鲜花摆出欢迎舅舅的小路，我们仿佛能够随着指示牌和舅舅一起登上顶楼的小花园。啊！这真是最美的花园！你完全想象不出这是小恩先前发现的那个堆满废品的楼顶。连平日里吃的生菜，摆在这里都是这样适宜和好看。舅舅惊呆了，可是还是没有笑。而他送给小恩的是一个满是花的大蛋糕，漂亮极了！小恩觉得这比一千个笑容还要棒！舅舅还带来了，好消息，爸爸找到了工作，小恩可以回家了！
小恩可以回家了，舅舅抱着小恩，依依不舍，与前面刚来时，舅舅站在小恩身边没有任何交流的情景形成鲜明对比。舅舅还把那只小黑猫送给了小恩。小恩把鲜花种进了舅舅的心里。有这些鲜花的陪伴，舅舅一定会每天都有笑容。
整个故事的行进，都是由小恩的一封封短小的信件构成，给舅舅的，给爸爸妈妈奶奶的，小恩的语言是片段式的、散乱的，但我们还是从这些只字片语中看到了小恩的乐观和对生活的热爱。艾玛嘴角的笑容，小猫欧提爬在桌上观察花叶子上的小蚱蜢，店里越来越多的客人，送信的邮递员都愿意在面包店门口多停留一会儿， 路过的太太们无不被这些美丽的花吸引，连贫穷的流浪汉都因为得到的一枝小花的香而微笑……这些不都是因为小恩和她的花园么？而这一切，小恩却并不自知。她只是喜欢种花，只是想要送给舅舅一个秘密花园。而最后，这个秘密花园不仅送给了舅舅，实际上还送给了那时那地的所有的人，随着这些小恩的花的生长，生活开始有了欣欣向荣的迹象。
最后，小恩回到了家乡，和奶奶一起继续种花。她们挎着装满花种子的篮子，走向蓝天的尽头，把更多的花种子播撒进芬芳的泥土，带给身边的人更多的美好、更多的希望……
愿每个人心中都有一个秘密花园！
