MES系统 的实施做了大量的工作，包括管理的改革，成立项目小组，对执行计划的编制，各级人员的培训，数据准备，原型测试，用户修改程序，制定工作规则和法规等。对MES系统项目的实施过程可分为五个阶段，每个阶段都有自己的具体内容和互动。简要介绍如下：
前期工作。这是一个非常重要的阶段，在一个软件的安装，该项目的成功。它包括在上游企业领导干部了解MES培训，为企业评价与诊断的MES对企业现行管理的业务流程和存在的问题，找到解决方案，明确的期望，和标准制定目标，完成需求分析和投资的正式书面报告项目，建立组织的效益分析，做出正确的决定，并选择软件。
实施准备。这个阶段包括数据的准备和各种参数和设置（模态数据如物料编码应开始进入计算机），完成了系统的安装和软件原型测试，和预测的计算机业务管理解决方案的问题问基于软件原型测试。这一阶段将开始的软件产品，硬件和系统的技术培训工作。
模拟运行及用户。在这个阶段的基本掌握软件功能，选择有代表性的产品的企业，数据输入系统是必要的，组织作战仿真项目团队，也被称为会议室模拟，和最终验收。工作规则和法规应制定出初步实践后，完善。软件公司，然后开始对这个企业的程序员培训。
切换运行。这个阶段可以并行或顺序一步完成，也可以分阶段实施，是平行相短的手工管理和系统管理。所有的培训人员应更完美的在这个时候。
新系统的运行阶段。该项目进入正常状态，评价和改进工作绩效，评价的基础上的下一步。
另外软件公司软件的实施与开发、实施经验，必须慎重考虑。值的一提的是整个实施过程中，培训是一致的，MES系统是一个“人”，积极参与人是项目成功的保证
