2022-08-26 OT1小鼠鉴定方法 的一个错误

大约在两年前拿到了OT1小鼠,根据Jakson小鼠鉴定方案,根据方案合成了4条引物。

小鼠基因型鉴定OT-1.jpg

刚开始只有OT1小鼠,数量不多,我就用的Takara(PrimeSTAR® Max DNA Polymerase,货号R045A)去跑的PCR,因为说明书中也提到要根据酶特性设置时间。我自己设置了PCR反应时间,如下:

STEP TEMP ( ℃ ) TIME
1 94 5 min
2 94 45 s
3 65 1 min
4 68 1 min
5 repeat steps 2-4 for 10 cycles
6 94 45 s
7 60 1 min
8 72 1 min
9 repeate step2 6-8 for 28 cycles
10 72 10min
11 10 hold

按照这个条件我们跑出的条带是这样的:


image.png

野生型小鼠小条带(200bp,请忽略我们糟糕的DNA Marker),阳性鼠是有两条带。这个说明书中位置差不多。


image.png

我觉得细心的读者已经发现,为什么我的Transgene条带(300bp)要明显比Internal positive control条带要亮(200bp),对,你猜的不错,我的这几只是纯合子。我为啥这么肯定是纯合子,因为这几只小鼠拿到集萃药康做的净化,那边人告诉我的,因为他的后代小鼠都是阳性鼠

净化通俗点讲,是将确认病原体感染或者疑似感染的“脏脏鼠”传代获得不含特定病原体的子代鼠。从小的方面讲,净化是为了实验鼠品系的健康不受到威胁,保证后续实验不受病原体感染影响,从大方面讲,也是为动物屏障内其他品系的健康保驾护航。

参考资料:

知识 | 小鼠生物净化方式简介

让实验结果更稳定 更可靠:小鼠净化

后面我们陆续有很多loxp和cre小鼠来了以后,如果再用原来的takara试剂去做小鼠鉴定成本太高,换成了维赞的2×Taq Master Mix,Dye Plus(Vazyme P112-03)。

具体可以参考我之前写的帖子(条件性敲除小鼠--操作技能必知必会)[https://mp.weixin.qq.com/s/PROyL8vldrZLMZ5pjRXaHw],这是最近一次做的鉴定结果

[图片上传失败...(image-713c86-1661502052771)]

鉴定LOXP小鼠效果很可以,但是到了OT1小鼠这里,感觉和以前的不大一样。

image.png

直到今天Yikara 问我,OT1小鼠PCR时间时候,我把方案再次打开后分,发现上面具体时间没有写,只写了需要根据酶的特性来调整PCR的时间。

应该是当时摸过一个条件,然后保存下来后,就再也没去想更改,换成维赞的试剂后,还是按照原来的条件跑PCR,所以结果总是很奇怪。

于是乎就有了这篇总结帖子,在实验时候,如果发现重复不出以前的结果时候,有必要回去打开说明书,重新把过程捋一遍,说不定会有新的发现。

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