rifdock的下载和安装说明可参考https://github.com/rifdock/rifdock
分别基于服务器gcc是12.1,9.4的版本,安装了Rosetta 3.9的版本,然后再编译安装rifdock,是可以成功的,在rifgen运行时出现报错信息如下:
FAILED ASSERTION:
resname(ala_rot_) == "ALA" EXIT
FROM:
~/software/rifdock-master/schemelib/scheme/chemical/RotamerIndex.hh line: 860
查阅到类似的错误:https://github.com/rifdock/rifdock/issues/119,曹大神推荐使用gcc 6.x版本,为此利用个人账号,非root账户在linux上安装gcc 6.3版本,期间也是遇到各种报错信息,最后参考以下两篇介绍解决:
https://blog.csdn.net/nie19940803/article/details/102408025
https://zhuanlan.zhihu.com/p/357264769
最后gcc安装成功,并将环境设置好,进行Rosetta 3.9安装(需要准备python2.7)
./scons.py -j 16 mode=release bin
Rosetta 3.9成功安装,随后进行rifdock的安装,参考git上的介绍
cd rifdock
mkdir build
cd build
CXX=/my/g++/version CC=/my/gcc/version CMAKE_ROSETTA_PATH=/Path/to/a/rosetta/main cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release make -j3 rif_dock_test rifgen
在CXX编译那步,还遇到过小插曲的报错
cmake: ~/Bin/gcc-6.3.0/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found (required by cmake)
cmake: ~/Bin/gcc-6.3.0/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found (required by /lib/x86_64-linux-gnu/libjsoncpp.so.1)
找了个存在GLIBCXX_3.4.26的库文件链接到lib64目录下,最后成功安装成功
最后利用rifgen测试
~/Bin/rifdock-master/build/apps/rosetta/rifgen @input/rifgen.flag > rifgen.log 2>&1
成功生成对应的结果文件
整体来讲,rifdock在安装时,较为依赖系统环境,中间遇到很多问题,都是边查边解决,不放弃不舍弃多坚持一下,最后实现了此软件的安装和应用