Linux安装rifdock中遇到的问题

rifdock的下载和安装说明可参考https://github.com/rifdock/rifdock

分别基于服务器gcc是12.1,9.4的版本,安装了Rosetta 3.9的版本,然后再编译安装rifdock,是可以成功的,在rifgen运行时出现报错信息如下:

FAILED ASSERTION:
resname(ala_rot_) == "ALA" EXIT

FROM:
~/software/rifdock-master/schemelib/scheme/chemical/RotamerIndex.hh line: 860

查阅到类似的错误:https://github.com/rifdock/rifdock/issues/119,曹大神推荐使用gcc 6.x版本,为此利用个人账号,非root账户在linux上安装gcc 6.3版本,期间也是遇到各种报错信息,最后参考以下两篇介绍解决:

https://blog.csdn.net/nie19940803/article/details/102408025

https://zhuanlan.zhihu.com/p/357264769

最后gcc安装成功,并将环境设置好,进行Rosetta 3.9安装(需要准备python2.7)

./scons.py -j 16 mode=release bin

Rosetta 3.9成功安装,随后进行rifdock的安装,参考git上的介绍

cd rifdock
mkdir build
cd build
CXX=/my/g++/version CC=/my/gcc/version CMAKE_ROSETTA_PATH=/Path/to/a/rosetta/main cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release make -j3 rif_dock_test rifgen

在CXX编译那步,还遇到过小插曲的报错

cmake: ~/Bin/gcc-6.3.0/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found (required by cmake)
cmake: ~/Bin/gcc-6.3.0/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found (required by /lib/x86_64-linux-gnu/libjsoncpp.so.1)

找了个存在GLIBCXX_3.4.26的库文件链接到lib64目录下,最后成功安装成功

安装日志文件

最后利用rifgen测试

~/Bin/rifdock-master/build/apps/rosetta/rifgen @input/rifgen.flag > rifgen.log 2>&1

成功生成对应的结果文件

结果文件

整体来讲,rifdock在安装时,较为依赖系统环境,中间遇到很多问题,都是边查边解决,不放弃不舍弃多坚持一下,最后实现了此软件的安装和应用

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 203,456评论 5 477
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,370评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 150,337评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,583评论 1 273
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,596评论 5 365
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,572评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,936评论 3 395
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,595评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,850评论 1 297
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,601评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,685评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,371评论 4 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,951评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,934评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,167评论 1 259
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 43,636评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,411评论 2 342

推荐阅读更多精彩内容