科学是人发起的实践，试图认识世界，以改进自身福祉。科学反应了人的品质，反应了人的思维模式，反应了人和技术体系的关系，反应了人的努力和相应的回报。
所以科学大致可分三层：核心层是通用的准则，比如满足数学和逻辑，要做到实证，为了提升科学效率，还要做到严谨、求实、开放合作等；中间层是科学模式，或科学方法，即对研究对象的不同看法，和因此形成的不同的方法论、技术手段、规范等；外围是科学成果，是相应科学方法和科学模式的产出，比如牛顿三大定律，和据此发明的宇宙飞船，比如中医的元气理论，和因此发展的处置方法。
越是核心，越反应人的品质，越是统一，越往外层，越是分化，越体现物的特性。所谓人的品质，是任何时代，解决任何问题，都表现的那些特性，比如聪明思索，积极进取，挖掘时代的最大可能性，坦诚的态度，求真务实，谦卑开放等等。越是外层，越要结合每个人的思维模式、所处的时代、所面对的对象、所要解决的问题，而具体展开，变得分化。
所有科学都要求实证，中西医都要求实证，但科学方法可能不一致，对应的实证方法也不应当一致，科学成果更会表现明显差异。
这就是科学多元的机理。
现代科学成果往往是基于物质的存在，是中性的无思想的，西医和中医都可使用（虽然它们现阶段主要服务于西医）；科学方法是指令科学活动应该如何开展，中医可以借鉴现代科学，也可不予采纳；科学精神却是所有的科学应当遵循的，所以中医应该做到可实证。
废医论者坚持认为，真正的科学只有一种，就是物理学这样的在实验室展开的探索活动，西医还有经验成分，需要不断改进，中医根本不是科学。他们推论道：“世上要么西医符合科学，要么中医符合科学，要么两者都不符合，而断没有两者都符合的道理。”这就是对科学的片面理解，科学要求实证，但实证不等同于“实验室证明”，实证的意思是可复现、可证伪，是实践证明，并没有限定具体方法，没有要求概念的内涵清晰，没有要求逻辑推理，没有要求在实验室展开。
中医也要满足逻辑，这是毫无疑义的，但我们应当明白，现在阶段的逻辑还不够，充满着现代科学的气息，主要基于物质，不一定多么适合中医，还需要发展基于生命的逻辑。
中医更要满足数学，但中医领域的数学不能应用于具体细节，比如准确地反应胃部的尺寸，而应当着眼于最终结局，即取得更满意的效果，和这个目标出发的，整个过程的数学保证。
总结，中医应该满足科学准则，用什么方法研究，就没必要过多指责，涉及文化、时代环境、研究者意愿、历史路径等等诸多因素，不应要求大一统。这就是说，应当允许不同于西医的其他科学模式存在，只要它能满足科学的准则。
