韦恩图应该是最最常见的一种图了吧。然而,即使是这么简单的一种图,可能仍然需要许多湿实验用户去通过一两行代码实现。而这一两行代码的实现可能需要的是七八分钟乃至更久。如果用户使用其他在线平台的话,大概率需要注册攒积分或者付费才能使用。免费的绘图网站则无法实现调参功能,或者数据量受限。本推文为了解决用户这一痛点,写了一个可视化绘图软件Multi-omics Visual,用户只需要一次安装好,后面绘图即可通过点击实现。那么开门见山,下面直接介绍如何进行绘制吧。
PS:因为本软件是用python脚本撰写,调用了部分依赖包,用户首次使用需要安装python以及对应的包,安装之后便可永久使用。安装部分可以参考之前的推文《高效绘图小工具:Multi-omics Visual》。界面部分的话考虑到后期pyQt5使用需要授权,为避免后期出现问题,所以采用了python最原生的tkinter包撰写,此部分详见《Multi-omics Visual软件之一点思考》。所以GUI部分还有待进一步提升,后期也会持续改进哈。
一 韦恩图绘制
1、安装好我们的软件之后,首先第0步需要做就是打开软件界面。
我们的示例文件内容如步骤1。当用户准备好文件之后,即可通过步骤2,即直接将文件拖入对话框,内容即会被软件读取。
考虑部分用户会使用excel文件存储数据,在使用本软件时,需要将excel内容转换为文本内容,所以本软件也开发了excel文件读取模块(有没有很贴心,此处应该有掌声,嘿嘿),通过点击‘load excel’按钮,即实现步骤3,弹出对话框,对话中包括sheet num、Row from、Row to、Col from、Col to几个文本框,分别表示读取excel的表格数(sheet num)、行的范围(起始:Row from、终止:Row to)、列的范围(起始:Col from、终止:Col to)。如果excel的表格数的表格数为-1,则默认读取首页表格的所有内容,如本文所示。在设置excel文件的表格设置之后,将excel文件按照步骤5拖入对话框,随后点击‘ok’按钮,即可实现步骤6的文件读取。
需要注意的是,本软件在绘制图片时,需要点击‘Adjustment para(need open when plot)’,通过步骤7打开对话框,否则程序无法绘制韦恩图(算一个小bug吧,暂时没有精力继续修改)。最后,点击‘start’按钮,即可打开韦恩图界面,如图5所示。
本软件的一大优化就是用户友好。使用本软件的用户可以通过调参1(步骤9)和调参2(步骤10)完成韦恩图内标签大小的绘制,随后,点击对话框内的‘ok’按钮,或者主界面的‘start’按钮,都可以完成图片的美化工作。
二 惯例小结
其实,现如今虽然也有其他编程语言如java、R等编写的可视化分析软件。但是,这些软件存在一些不足的地方,即并无法像python一样,充分利用编程语言内丰富的生态的环境(也有些大神是可以规避这些缺点的,此部分不在讨论范围)。本软件通过搭建纯python实现的一个绘图优化的框架,可以实现python包的充分利用(在尊重别人的知识产权的前提下),实现无需编码的绘图可视化工作。相信这些工作的开展可以将绘图可视化的壁垒进一步打破,让用户更专注于生物学问题,外加多发文章。也欢迎大家搜索V信,公众,号:生信小院,其中分享了更多了与生信学习的相关信息,欢迎大家阅读。
最后,本软件与Multi-omics Hammer软件一起搭配使用效果更佳。文末是本公众号在其他平台的账户,也欢迎大家关注并多提意见。
最近github登录不上去,就先用这个releases功能发布软件吧,欢迎大家下载,使用并提出意见。
Multi-omics Visual软件下载地址:
https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.02