没有不可疗愈的伤痛，没有不能结束的沉沦。所有失去的，会以另一种方式归来。一张张纸卷封藏你对我的期许，一颗颗大树舒展我对你的怀念。
-——题记
继《龙之屋》之后，《许愿树》相之显世。一个来自美国曼哈顿的女孩，一个来自澳大利亚的男孩，上帝安排了他们在樱花树下相遇，完美邂逅。
在世界各地留下了他们走过的足迹，并拥有了一个漂亮可爱的小女儿玛蒂。突然有一天上帝跟他们开了一个玩笑，女孩因患病而不久将奔赴天堂。离开之前给男孩和自己的女儿分别各留下了七封信，以及她最后的一个心愿，希望男孩能够带着女儿去把他们曾经走过的地方再走一遍。这个故事并非结束，而是刚刚开始。
对于这对父女来说，女孩的离世带给了他们沉重的伤悲，更是给一个小女孩幼小的心灵留下了深深的痛，失去了最爱她的母亲。这份沉重的阴影始于记忆最多的美国，是否接下来的旅途会让他们走出这片阴影呢？
对于这位绅士来说，曾经那些美好的记忆在（第一站）樱花盛开的日本苏醒了，再次站在樱花树下，望着那落英缤纷的美景。那些记忆水晶球中的一个突然在脑海里破碎了，曾经那个女孩调皮的一幕再次呈现再了眼前，女孩调皮地伸出了舌头，试着去接那飘落的樱花，在哪里跳来跳去，活脱脱一个袋鼠啊！仔细观察之后才发现是自己的小女儿在哪里跳呢。思绪万千的他突然感觉心是那般锥心的痛，心中难免怨恨那个女孩，这哪是个简单的心愿啊！这简直是在推动着他更深地走向了那片阴影啊。但是当他看了女孩留给他的第一封信以后，又有了坚持走下去的理由。小女儿也给母亲在第一课许愿树上挂了自己的第一个愿望。
尼泊尔（第二站），那个坐落在喜马拉雅山外围的一个山鹰呼啸的地方，这里有着世界最高峰可以攀登，有着独一无二的美景可以欣赏。也有独特的事足以让你惊讶，比如一辆公交车就能坐八九十人，可以放红色的风筝，让其“飞过”喜马拉雅山等有趣的事。父女也看到了那个记录曾经登上珠峰的加阔特。小女儿画了父亲放风筝的画面，蓝色的天空，红色的风筝，世界上的最高峰。并将它挂在了系满祈祷的小旗子的许愿树上，希望她最爱的妈妈能够看到。
泰国（第三站）这个有着微笑之国之称的佛教之国。这里有世上最淳朴，笑的最真的人们，就如同佛祖说的:“一支蜡烛可以点燃成千上万支蜡烛，所以蜡烛的一生不会是短暂的。与人分享快乐，那么快乐就永远不会减少。”第三封信提到了普吉岛与皮皮岛，那些曾经的回忆触及着父女俩，小女儿在一个只有她和父亲的沙滩上为母亲画了一副只属于妈妈的画，算是她的第三个给妈妈的礼物。
印度（第四站）这个有着泰姬陵的国家，打开女孩留的第五封信，自然提到了泰姬陵，那个国王沙贾汗为妻子亚珠曼德建造的光影般幻觉的陵墓，那个唯一一个完美无缺为了纪念爱情的建筑物，保留了那份永恒的爱，让相爱的人更加的贴近。小女儿玛蒂为她最爱的妈妈画了泰姬陵，并将画系在了许愿树上。在这里他们遇到了在恒河里从死尸上找金牙为生的小男孩卢比。
中国香港（第五站）经历了那些不是古老就是特色的地方，突然来到了灯红酒绿的繁华现代化的城市香港。女孩留给他的第六封信中提到了让他去看一下她最好的朋友乔治娅，或许这就是中国内陆的风帮女孩带给他的一份最好的礼物吧。小玛蒂在这里找到了曾经一些久违的东西，也变得快乐了起来，将这时尚的香港画下来送给了她最爱的妈妈。在这里男孩遇到了乔治娅，而小玛蒂遇到了霍莉。离别前往越南时，他们是那么的不舍，那么的伤心，真期盼能够永远待在这繁华的现代化城市香港。
越南（第六站）这个曾经到处都是硝烟的国家，经过多年的修护变得漂亮了。经管还有着一些未被挖出的地雷，但阻挡不了越南人前进的步伐，也阻挡不了那些想要帮助别人的人的步伐。就在这样的一个地方，男孩就要做一个重大的选择，而小女儿玛蒂把那片森林画下来，并完成了妈妈留给她最后一封信中的一个心愿，为她办了一个画展，在哪瀑布前画下了他们这对父女走过的记忆。小女儿玛蒂跟随爸爸走过了，追寻了妈妈的足迹，在不知不觉中妈妈已经跟她融为一体。
这段换了人换了时间的旅途不是为了重温曾经的回忆，而是为了让这对父女能够走出那段阴影。男孩不必再那么愧疚，小女儿玛蒂能够再次快乐起来。男孩做到了他该做的所有事，即使对于他来说，这是个难以完成的要求，但最终他做到了。
不久之后，在中国香港一位年迈的老人经常在公园里看到一个西方家庭，一个男人和女人经常手牵手，男孩子（卢比）则坐在二个女孩子旁边和她们一起玩耍，就像是兄弟姐妹，但他们并没有同样的肤色和血缘，却拥有真正的家伦之乐，真正发自内心深处的笑容。
