辩证唯物主义和历史唯物主义是探索包括考古学和历史学在内的社会科学最佳的指导理论和认识论。中国文明起源的探索是当今中国社会科学战线的最重大的课题之一，当然也需要马克思主义的理论指导。
马克思主义的辩证唯物主义认为物质决定意识，意识对物质也有反作用。在辩证唯物史观中则表现为，生产力决定生产关系，经济基础决定上层建筑，物质基础决定意识形态。本着这一原理，文明社会相对于原始社会来说，是一个全新的、高级的社会。推动社会文明化的根本动力是生产力的进步。我们在强调生产力决定生产关系、经济基础决定上层建筑、物质基础决定意识形态的同时，我们还要充分认识到生产关系对生产力、上层建筑对经济基础、意识形态对物质基础的反作用力。
比如说不同社会形态的意识形态在其形成之后，必定在一定程度上影响物质基础。具体说，平等的部落社会和不平等的社会包括等级制社会(如酋邦)和阶级社会(国家)的意识形态，反映人们的居住形式(考古学称之为“聚落形态”)有着明显的差别。在原始社会早期，中国新石器时代早中期，大约距今 5300 年之前，原始文化的社会发展阶段大致均处于平等的部落社会，平等的意识形态塑造了平等的聚落形态。遗址内部在微观聚落形态上没有明确的等级差别，墓葬里的贫富差别可能存在，但是没有制度化、合法化和规范化。在考古学文化区内，聚落群之间在宏观聚落形态上没有明显的聚落等级制，尽管各聚落之间的发展水平并不平衡，但是尚未出现等级、地位、权力高于周围其他聚落的中心聚落。这些都是平等社会意识形态使然。
运用意识形态对物质基础也具有不可低估的反作用的辩证唯物主义原理，从考察聚落形态里所蕴含的种种现象，来反推当时的社会意识形态的构架。足见，辩证唯物主义基本原理的完善与发展，对中国文明起源探索研究的指导意义是行之有效和不可或缺的。
