土壤板结、土壤酸化、土壤盐渍化、土壤地力衰竭、土壤污染、土传病害等一系列的问题相继出现。不知从何时起，我们所吃的农产品失去了本来的味道，保鲜期缩短，不易储存。究其原因，矛头指向化学肥料的长期过量使用，复种指数高和连作产生的土壤持续生产力障碍问题，引发了土壤质量健康、农产品质量安全问题。
微生物功能多样性决定了其在土壤和农业中的不可替代作用。微生物在土促进土壤中微量元素的释放及螯合，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成；微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等，降低土壤污染的程度。
