从前，有一个叫做尼尔斯的小孩子，他喜欢恶作剧，而且很不爱学习。经常捉弄自己家的小动物，家里的小动物都特别怨恨他。
有一次，尼尔斯看到了自己家中有一个小精灵，于是他就捉弄那个小精灵，结果被精灵变成了拇指般大小。当他再次遇到家里的动物时，都被他们嘲笑或者被他们欺负。结果一次跳到自己家的公鹅马丁背上，而马丁跟随一群野鹅飞了起来，因此尼尔斯开始了一段骑鹅旅行记。
开始尼尔斯很害怕，而且野鹅群之首阿卡也不太想让他们跟随着自己，但是因为一次尼尔斯从狐狸手上救出了一只野鹅，阿卡感激不尽，于是阿卡便答应他们一起去往他们要南迁的目的地。
中间他们经历了许多磨难，狐狸斯密莱的各种诡计，差点被一户人家抓住，国王铜像的追捕，灰田鼠军团的攻击，饮食温饱问题……等等，都被尼尔斯和他的伙伴们一起化解了。
终于他们到达了目的地，而且公鹅马丁也找到了自己的伴侣，还生下了一窝小鹅。但是尼尔斯开始想家了，他怀念以前的生活，怀念自己的父母，于是尼尔斯想尽了办法变回人形，最终，通过阿卡的一子的打听，得知，必须得有另外一个人主动想和你换，才行。
虽然他们回到家了，但是尼尔斯却还是很伤心，他能看到他们的爸爸妈妈，但却无法和他们相见。结果正当尼尔斯和马丁对话时，尼尔斯突然变大变成人了，虽然他和他的父母相认了，但是尼尔斯却永远也听不懂小动物们的讲话了。
公鹅马丁和他的家人留在了家里，告别了野鹅群，尼尔斯幸福的生活了下来。
