前面提到我终于把RDS搞好到另一台电脑顺利读取开始scenic之旅了。
经过了一个夜晚的等待，我满怀希望的去摘取胜利的果实了。。。然而居然在半夜报错了。。。
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不过我相信好事多磨，，，总不会我一个人这样。毕竟
成功的花儿,人们只惊羡她现时的美丽,不知道想当初她的芽儿,浸透了奋斗的泪泉,洒遍牺牲的血雨
我还没经历够血雨吧！开始血雨搜索之旅！！！
1.用最喜欢的母语中文搜到一个同样问题，是的，只有问题，未解决，等着你写回答。
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2.中文找不到，加一句话，我把报错转为英文
Sys.setenv(LANGUAGE = "en")
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先去github看，网速感人还是打开了，没见这个问题。
搜索也没收获哦。
3.还是看源码吧
F2打开源码,一眼就看到了该死的register。
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register(MulticoreParam(nCores), default = TRUE)
我分析了他的字面意思，是多核运行的意思。
我是windows啊大哥，你不是只允许我用1核吗。
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我用的是1
我不需要多核
那么
我把这句删掉是不是就可以了啊。
加个井号#
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重新定义函数
runSCENIC_2_createRegulons <- function (scenicOptions, minGenes = 20, coexMethods = NULL,
minJakkardInd = 0.8, signifGenesMethod = "aprox", onlyPositiveCorr = TRUE,
onlyBestGsPerMotif = TRUE)
{
省略中间代码
共313行
这是代码最后的样子
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保存为runSCENIC_2_createRegulons .R
source('runSCENIC_2_createRegulons .R')
再次运行
又失败了
。。。
> scenicOptions <- runSCENIC_2_createRegulons(scenicOptions,
+ coexMethod=c("top5perTarget")) # Toy run settings
09:50 Step 2. Identifying regulons
tfModulesSummary:
[,1]
top5perTarget 212
09:50 RcisTarget: Calculating AUC
Scoring database: [Source file: mm9-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.feather]
09:57 RcisTarget: Adding motif annotation
Number of motifs in the initial enrichment: 54981
Number of motifs annotated to the matching TF: 794
Error in rbindlist(lapply(split(x, x$motif), function(y) y[which.max(y$NES), :
could not find function "rbindlist"
In addition: Warning messages:
1: In RcisTarget::importRankings(dbFilePath, columns = randomCol) :
The following columns are missing from the database:
2: In RcisTarget::importRankings(dbFile, columns = rnktype) :
The following columns are missing from the database: features
3: In importRankings(rnkName, columns = allGenes) :
Error in rbindlist(lapply(split(x, x$motif), function(y) y[which.max(y$NES), :
could not find function "rbindlist"
我是缺少多少函数呀。。。
R4.0.5太新了吗
我决定退回去试试
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这就坑爹了呀，再到这一步要一夜。。
看看我从接触R到现在更新 了多少版本了
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岁月真是杀猪刀。。。
再次失败
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再查，说是可能没调用这个包
require(data.table)
呀，顺利通过。。
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成功又近了一步。加油！
为了方便你们检索到
我把英文报错也粘贴在这里！
> scenicOptions <- runSCENIC_2_createRegulons(scenicOptions,
+ coexMethod=c("top5perTarget")) # Toy run settings
Error in register(MulticoreParam(nCores), default = TRUE) :
could not find function "register"
Error in rbindlist(lapply(split(x, x$motif), function(y) y[which.max(y$NES), :
could not find function "rbindlist"
