《刺马案》、《杨月楼案》、《太原奇案》、《杨乃武与小白菜案》被称为晚清四大奇案，而其中这《刺马案》被称为晚清四大奇案之首。而与其他奇案的曲折离奇、峰回路转不同，《刺马案》的凶手并没有逃离凶场，且对自己的罪行供认不讳，那为何此案却被称为晚清四大奇案之首呢？
首先，该案不是普通的刑事案件，而涉及到晚清的重大政治。朝廷最高级别的封疆大吏，竟死於莫名的刺杀，乃是自大唐宰相武元衡被刺以后，一千余年之未有之事件。自湘军平定太平天国之后，清廷对湘军在江南的势力而坐立不安。不但没有兑现“克复金陵者王”的承诺，反而下令裁汰湘军，并使“调虎离山”之计，将曾国藩调离江南，任命其为直隶总督。
直隶总督虽为疆臣之首，却在朝廷的眼皮底下，论实际权力，直隶总督远不能与两江总督相比，且远离了曾国藩的势力根基。同时，清廷以马新贻为两江总督，接手两江地区（肩负裁汰湘军、追查太平天国国库等重任）。湘军流血牺牲才攻取的江南，却迎来了马新贻为两江总督，湘军显然是极为不安与愤怒的。
再则，马新贻被刺经过比较蹊跷。马新贻也是靠军功而步步高升的，而并非如一般的文臣，其当天参加完阅射回官署时，有负责警卫的督标中军副将喻吉三、武巡捕叶化龙以及两三名马弁跟随，却最终死於张文祥的短兵利刃。没有内部人员的配合，是不可能行刺成功的，且张文祥在行刺的过程中高呼“养兵千日，用兵一时”，将马新贻刺死之后也无逃生的欲望，都是极为反常的表现。
第三，张文祥的供词疑点重重。尽管许多相关影视作品及野史记载，马新贻与张文祥等匪首曾系结拜兄弟，可马新贻飞黄腾达之后，不但霸占拜把兄弟的妻室，还诱杀了拜把兄弟。以致张文祥报仇，刺杀了马新贻。但是，从张文祥的供词来分析，张文祥与马新贻并不相识，张文祥刺杀马新贻的理由也比较牵强，表明张文祥是受人指使（养兵千日，用兵一时）的。
第四，案件处理也扑朔迷离。慈禧接到马新贻被刺杀的奏报后，吃惊地表示:“马新贻此事岂不甚奇？”。却立即调曾国藩回任两江总督，并会同刑部尚书郑敦谨主审此案。郑敦谨审完此案回京，至清江浦（今淮安），就上疏以病乞罢，却於十余年后才死去。表明郑敦谨已审出真相，但事态太过严重，以致其不敢回京述职。而从清廷立调曾国藩回任两江总督，也表明清廷看出这其中的玄机，故而，对马新贻被刺之真相也并不能继续深究下去，而且最是说不得。
